物流系統的功能要素指的是物流系統所具有的基本能力，這些基本能力有效地組合、聯結在一起，便成了物流的總功能，便能合理、有效地實現物流系統的總目的。物流系統的功能要素一般認為有運輸、倉儲保管、包裝、裝卸搬運、流通加工、配送、物流信息等，如果從物流活動的實際工作環節來考查，物流由上述六項具體工作構成。換句話說，物流能實現以上六項功能。
1、運輸功能
運輸是物流的核心業務之一，也是物流系統的一個重要功能。選擇何種運輸手段對于物流效率具有十分重要的意義，在決定運輸手段時，必須權衡運輸系統要求的運輸服務和運輸成本，可以從運輸機具的服務特性作判斷的基準：運費，運輸時間，頻度，運輸能力，貨物的安全性，時間的準確性，適用性，伸縮性，網絡性和信息等。
2、倉儲功能
在物流系統中，倉儲和運輸是同樣重要的構成因素。倉儲功能包括了對進入物流系統的貨物進行堆存、管理、保管、保養、維護等一系列活動。
倉儲的作用主要表現再兩個方面：一是完好地保證貨物的使用價值和價值，二是為將貨物配送給用戶，在物流中心進行必要的加工活動而進行的保存。
隨著經濟的發展，物流由少品種、大批量物流進入到多品種、小批量或多批次、小批次物流時代，倉儲功能從重視保管效率逐漸變為重視如何才能順利地進行發貨和配送作業。
流通倉庫作為物流倉儲功能的服務據點，在流通作業中發揮著重要的作用，它將不再以儲存保管為其主要目的。流通倉庫包括撿選，配貨，檢驗，分類等作業并具有多品種、小批量，多批次、小批量等收貨配送功能以及附加標簽，重新包裝等流通加工功能。
根據使用目的，倉庫的形式可分為：
配送中心（流通中心）型倉庫：具有發貨，配送和流通加工的功能；
存儲中心型倉庫：以存儲為主的倉庫；
物流中心性倉庫：具有存儲，發貨，配送，流通加工功能的倉庫。
物流系統現代化倉儲功能的設置，以生產支持倉庫的形式，為有關企業提供穩定的零部件和材料供給，將企業獨自承擔的安全儲備逐步轉為社會承擔的公共儲備，減少企業經營的風險，降低物流成本，促使企業逐步形成零庫存的生產物資管理模式。
3、包裝功能
為使物流過程中的貨物完好地運送到用戶手中，并滿足用戶和服務對象的要求，需要對大多數商品進行不同方式、不同程度的包裝。包裝分工業包裝和商品包裝兩種。
工業包裝的作用是按單位分開產品，便于運輸，并保護在途貨物。商品包裝的目的是便于最后的銷售。因此，包裝的功能體現再保護商品、單位化、便利化和商品廣告等幾個方面。前三項屬物流功能，最后一項屬營銷功能。
4、裝卸搬運功能
裝卸搬運是隨運輸和保管而產生的必要物流活動，是對運輸、保管、包裝、流通加工等物流活動進行銜接的中間環節，以及在保管等活動中為進行檢驗、維護、保養所進行的裝卸活動，如貨物的裝上卸下、移送、揀選、分類等。裝卸作業的代表形式是集裝箱化和托盤化，使用的裝卸機械設備有吊車、叉車、傳送帶和各種臺車等。
在物流活動的全過程中，裝卸搬運活動是頻繁發生的。因而是產品損壞的重要原因之一。對裝卸搬運的管理，主要是對裝卸搬運方式、裝卸搬運機械設備的選擇和合理配置與使用以及裝卸搬運合理化，盡可能減少裝卸搬運次數，以節約物流費用，獲得較好的經濟效益。
5、流通加工功能
流通加工功能是在物品從生產領域向消費領域流動的過程中，為了促進產品銷售、維護產品質量和實現物流效率化，對物品進行加工處理，使物品發生物理或化學性變化的功能。
這種在流通過程中對商品進一步的輔助性加工，可以彌補企業、物資部門、商業部門生產過程中加工程度的不足，更有效地滿足用戶的需求，更好地銜接生產和需求環節，使流通過程更加合理化，是物流活動中的一項重要增值服務，也是現代物流發展的一個重要趨勢。
流通加工的內容有裝袋、定量化小包裝、拴牌子、貼標簽、配貨、挑選、混裝、刷標記等。流通加工功能其主要作用表現在：進行初級加工，方便用戶；提高原材料利用率；提高加工效率及設備利用率；充分發揮各種運輸手段的最高效率；改變品質，提高收益。
6、配送功能
配送是物流中一種特殊的、綜合的活動形式，是商流與物流的緊密結合。從物流來講，配送幾乎包括了所有的物流功能要素，是物流的一個縮影或在某小范圍中物流全部活動的體現。一般的配送集裝卸、包裝、保管、運輸于一身，通過這一系列活動完成將貨物送達的目的。
特殊的配送則還要以加工活動為支撐，所以包括的方面更廣。但是，配送的主體活動與一般物流卻有不同，一般物流是運輸及保管，而配送則是運輸及分揀配貨，分揀配貨是配送的獨特要求，也是配送中有特點的活動，以送貨為目的的運輸則是最后實現配送的主要手段，從這一主要手段出發，常常將配送簡化地看成運輸中之一種。
從商流來講，配送和物流不同之處在于，物流是商物分離的產物而配送則是商物合一的產物，配送本身就是一種商業形式。雖然配送具體實施時，也有以商物分離形式實現的，但從配送的發展趨勢看，商流與物流越來越緊密的結合，是配送成功的重要保障。
配送功能的設置，可采取物流中心集中庫存、共同配貨的形式，使用戶或服務對象實現零庫存，依靠物流中心的準時配送，而無需保持自己的庫存或只需保持少量的保險儲備，減少物流成本的投入。配送是現代物流的一個最重要的特征。