1．保稅物流中心（a型）與境外之間的進出貨物報關
（1）物流中心與境外之間進出的貨物，應當在物流中心主管海關辦理相關手續。物流中心與口岸不在同一主管海關的，經主管海關批準，可以在口岸海關辦理相關手續。
（2）物流中心與境外之間進出的貨物，除實行出口被動配額管理和中華人民共和國參加或者締結的國際條約及國家另有明確規定的以外，不實行進出口配額、許可證件管理。
(3)從境外進入物流中心內的貨物，凡屬于規定存放范圍內的貨物予以保稅；屬于物流中心企業進口自用的辦公用品、交通運輸工具、生活消費品等，以及物流中心開展綜合物流服務所需進口的機器、裝卸設備、管理設備等，按照進口貨物的有關規定和稅收政策辦理相關手續。
2．保稅物流中心(a型)與境內之間的進出貨物報關
(1)物流中心內貨物運往所在關區外，或者跨越關區提取物流中心內貨物，可以在物流中心主管海關辦理進出中心的報關手續，也可以按照境內監管貨物轉關運輸的方式辦理相關手續。
(2)企業根據需要經主管海關批準，可以分批進出貨物，月度集中報關，但集中報關不得跨年度辦理。
（3）物流中心與境內之間的進出貨物報關按下列規定辦理：
①物流中心貨物出中心進入關境內的其他地區視同進口，按照貨物進入境內的實際流向和實際狀態辦理進口報關手續；屬于許可證件管理的商品，企業還應當向海關出具有效的許可證件。
②貨物從境內進入物流中心視同出口，辦理出口報關手續。如需繳納出口關稅的，應當按照規定納稅；屬于許可證件管理的商品，還應當向海關出具有效的出口許可證件。