1．農產品物流外包模式
農產品物流外包模式是第三方物流企業獨立承包一家或多家農產品生產企業或經銷企業的部分或全部物流業務。對農戶、農產品生產企業或經銷企業而言，物流外包不僅有利于降低庫存、節約物流成本，而且，物流外包后，農戶、農產品生產企業或經銷企業能夠集中有限的資金、設備于核心業務，從而進一步提高企業競爭力。對第三方物流企業而言，以契約形式承接物流外包業務，一是有利于與客戶形成長期的合作關系，保證業務量；二是可以避免物流設備的閑置。
目前，我國大多數農產品物流業務就是這種模式。嚴格地說，這種模式與傳統的運輸，倉儲業并沒有太大區別。因為這種模式主要是以生產商或經銷商為中心，農產品生產企業、經銷企業與第三方物流企業之間缺少溝通的信息平臺，容易造成生產的盲目，運力的浪費或不足，或者是農產品庫存結構的不合理。
2．第三方農產品物流聯盟模式
農產品第三方物流聯盟模式是指第三方物流企業包括運輸、倉儲、信息經營者等以契約形式結成戰略聯盟，實行聯盟成員間的協作與信息共享，形成第三方物流網絡系統，實現農產品物流的規模化和網絡化。聯盟成員包括多家同地地和異地的各類運輸企業、場站、倉儲企業及農產品信息經營商。目前，我國的一些地方性農產品電子商務網站一般是采用這種模式。
相比于物流外包模式，這種模式有兩方面改善：一是創建了物流聯盟信息共享平臺，實現了聯盟成員間的信息共享和信息交流，有利于聯盟內部成員企業物流資源的優化配置。二是聯盟實體企業之間行分工協作，某些票據可以在聯盟內部通用，有利于減少中間手續、提高效率，使得供應鏈銜接更順暢。例如，聯盟內部經營各種方式的運輸企業進行合作，實行多式聯運，可以大大節約運輸成本。但由于聯盟成員實行獨立核算，在彼此利益不一致的情況下，彼此之間更大范圍的資源優化受到一定的限制。
3．農產品綜合物流模式
一般來說，綜合物流模式的運作要求組建綜合物流公司或集團，綜合物流公司集成物流的多種功能——倉儲、運輸、配送、信息處理及其他一些物流輔助功能服務，不僅可以為上游從事農產品生產的農戶或企業提供原材料供應、產品代理及物流管理服務，而且也可以為下游經銷商代理農產品配送、代收貨款等業務，同時完成商流、信息流、資金流、物流的傳遞。綜合物流模式的管理思路是充分利用社會上現有的物流設施、設備人才，運用第三方物流企業自己成熟的物流管理經驗，提供多樣化的為客戶量身訂制的物流服務。
隨著我國物流業的調整振興、農產品貿易量的不斷擴大，農產品生產者和消費者對農產品物流服務的需求將會急劇增加，自營物流將越來越難以滿足居民多樣化、差異化的需要。而且，隨著物流國際化的發展，國內物流業會面臨越來越激烈的競爭，必將迫使國內傳統物流企業向第三方物流快速轉變。因此，在物流全球化和國際金融危機的背景下，我國應加快傳統儲運企業、糧食購銷企業的改造，大力培育和支持第三方農產品物流企業的發展，以謀求我國第三方農產品物流業更大的發展空間。