(1)　配套政策和標準不到位
對于第三方醫(yī)藥物流企業(yè)的審核制度仍然不明確。國家對江蘇、浙江等11個地區(qū)的成立醫(yī)藥物流中心給予貼息貸款等政策支持。這些整改的一個必然結(jié)果就是醫(yī)藥的第三方物流企業(yè)從原有的醫(yī)藥批發(fā)企業(yè)中剝離出來，一旦剝離就面臨對這些新的第三方物流企業(yè)進行資質(zhì)考核和評估的問題。但是國家對這方面沒有一個新的考核和評估體系，而原有的gsp認證只是適合醫(yī)藥經(jīng)銷企業(yè)的，對于第三方醫(yī)藥物流企業(yè)gsp的很多內(nèi)容都不再適用。一個新的考核、評估體系的制定迫在眉睫。
此外，國家還沒有出臺統(tǒng)一的藥品編碼。統(tǒng)一編碼可以建立起一套對藥品質(zhì)量全程跟蹤和追究制度，但是長期以來，由于藥品的品種較多，國家沒有統(tǒng)一編碼，藥品名稱復雜，有中文名、商品名、英文名、拉丁名等。這給生產(chǎn)企業(yè)、醫(yī)院，尤其給大型連鎖藥店帶來很多的麻煩。這種各家自成體系的編碼，在信息流通中既不能實現(xiàn)信息共享，也不利于對藥品的監(jiān)管，從而造成了資源的極大浪費。另外物流標準的不統(tǒng)一也成為制約我國醫(yī)藥物流向規(guī)范化、高效化并與國際接軌的一大障礙。比如藥品物流容器、藥品包裝箱、藥品倉儲托盤等缺乏統(tǒng)一的標準。因此必須加快推進醫(yī)藥物流標準化的建設(shè)。同時，調(diào)整醫(yī)藥物流配送中心的許可證制度和經(jīng)營對象范圍，應(yīng)與國際接軌，建立配送中心嚴格準入許可證制度，建立配送中心下屬的配送分中心的許可證備案制度。
(2)　投資過熱、過散，缺乏有效整合
從2002年7月北京醫(yī)藥股份與國際著名物流設(shè)計生產(chǎn)制造企業(yè)西門子德馬泰克正式簽約，合作建立現(xiàn)代化醫(yī)藥物流配送中心之后，全國各地廣泛掀起了興建大型醫(yī)藥物流中心的熱潮。目前國內(nèi)銷售額最大的中國醫(yī)藥集團、上海醫(yī)藥股份公司、九州通集團有限公司也分別僅占醫(yī)藥市場銷售總額的3%～5%左右，與此同時這些醫(yī)藥物流企業(yè)在物流建設(shè)中均以單個企業(yè)為主體，呈現(xiàn)點多、規(guī)模大、投資大的狀況。設(shè)計規(guī)模要求往往是企業(yè)現(xiàn)有業(yè)務(wù)規(guī)模的3到5倍，動輒要求能夠支持上百億元的銷售。然而，由于國內(nèi)醫(yī)藥行業(yè)供應(yīng)鏈整合的環(huán)境還沒有形成，第三方醫(yī)藥物流也不成熟，各搞一塊、重復投資的結(jié)果就是各家都吃不飽、很難形成規(guī)模效應(yīng)。
與美國相比，平均每個配送中心能夠支撐的消費額，我國只是美國的11.75%;配送中心內(nèi)每平方米能夠支持的銷售額，我國只是美國的40%;平均每個配送中心能夠支持的sku品種規(guī)格，我國也只是美國的24%;而平均處理單行訂單的運作成本，我國卻是美國的2.78倍。由于銷售額小、效率低，所以經(jīng)營會處于困難境地。前一段時間在九省通衢的武漢，有四家已建和在建的醫(yī)藥物流中心，其中一家物流中心已明顯業(yè)務(wù)不足，陷入虧損的困境。
(3)　第三方物流不成熟
由于剝離出來的醫(yī)藥物流企業(yè)沒有經(jīng)歷一個第三方物流企業(yè)的一般發(fā)展過程，存在很多的第三方物流能力的不足。第一，配送網(wǎng)絡(luò)單一，配送網(wǎng)絡(luò)主要從以前的藥品進、銷的路線和節(jié)點演化，分布不合理，沒有從第三方物流系統(tǒng)規(guī)劃配送網(wǎng)絡(luò)的角度設(shè)計。第二，信息化能力低下，醫(yī)藥物流信息化建設(shè)落后，還沒有一個適應(yīng)國內(nèi)市場的成熟的信息化方案。許多企業(yè)還沒有能力利用信息化來提高效率。第三，醫(yī)藥物流企業(yè)采用的是倉庫、車輛和人員的堆積方式，實現(xiàn)以人工為主的商品儲運，人員素質(zhì)不高，當面對更大的商品吞吐，效率、速度、準確與成本等因素對發(fā)展造成影響。據(jù)有關(guān)統(tǒng)計，目前國內(nèi)醫(yī)藥商業(yè)的平均物流成本占銷售額的比重達10%以上，而美國醫(yī)藥批發(fā)商的該項指標僅為2.6%;醫(yī)藥商業(yè)純利潤率僅有0.72%，全美醫(yī)藥批發(fā)商利潤率為1.55%。因此物流手段與發(fā)達國家相比還有不小的差距。
(4)　專業(yè)管理人才缺乏
目前有業(yè)內(nèi)專家估計，能夠真正稱得上醫(yī)藥高級物流人才的僅超過百人。當前全國急需高級醫(yī)藥物流人才2,000人左右，這也就是說社會上醫(yī)藥物流人才的比例不足總需求量的1/20，并且隨著醫(yī)藥物流的持續(xù)升溫，這個差距還會懸殊。造成醫(yī)藥物流專業(yè)人才的缺乏主要原因有三個方面：第一，由于很多的醫(yī)藥企業(yè)對物流的認識還只停留在淺層次的模糊概念上，以至于很多管理都認為醫(yī)藥物流不過是醫(yī)藥運輸與倉儲的簡單相加。在這種觀念指導下，使這些對物流認識本身就一知半解的高層管理者們錯誤地認為:　高薪聘請醫(yī)藥人才還不如多找些倉庫保管員和貨物運輸員，因此許多所謂的物流人才實際上只是些操作工而已。這就導致人才供給被假性擴大，從而真正意義上的，對復合型物流人才、戰(zhàn)略型人才的需求就不像原本那么強烈，這是不利于醫(yī)藥物流復合型人才培養(yǎng)的。第二，由于在整個物流人才管理過程中還存在著種種疏漏，從而導致物流人才存在直接或間接的流失，比如傳統(tǒng)的醫(yī)藥物流薪酬激勵作用不大，員工的培養(yǎng)計劃根本沒有或者有但是不成熟等等。第三，部門整合不徹底。物流部門作為一個協(xié)調(diào)生產(chǎn)與銷售的服務(wù)部門，往往其成員所做出的戰(zhàn)略決策是針對企業(yè)若干職能部門的，所以物流人員的積極性就很大程度上取決于整個組織間的協(xié)調(diào)合作。