第三方物流企業要想在市場經濟的大海中不被淹沒，除了注意盡其所能考察對方當事人訂立合同的動機、目的和履行合同的能力外，還要在合同的訂立、履行和糾紛處理等環節的管理工作中有所創新。
(1)簽約時對合同結算方式的創新
預付款往往是服務提供方夢寐以求的，但買方擔心款項被騙，因此這種結算方式在買方市場下往往難以采用，先服務后付款是買方夢寐以求的，但賣方擔心款項難以追回，往往要求提供擔保，這給交易的成功制造了種種障礙。
在目前國內經濟活動中誠信存在缺陷時，第三方物流企業可在充分利用《合同法》和《擔保法》等法律法規以維護自身權益的前提下，在一定條件下可在結算方式中嘗試使用信用證的結算方式，以解決當事人之間的信用危機。
信用證是國際貿易結算中的常用工具，以往在我國僅見于涉外合同中。信用證是一種由銀行根據買方的請求和指示向賣方開出的一定金額的，并在一定期限內憑規定的單據承諾付款的書面文件。由于一方的開戶銀行對另一方的現金流和資信狀況更為清楚，該方能從其開戶銀行開出信用證，說明其對合同中主要業務的履行沒有障礙，使合同能夠更加順利地得以履行。
信用證主要適用于對方突然大量訂購物流服務或對對方信用狀況存在疑慮的其他情況。信用證可彌補《擔保法》規定的各種擔保方式不能普遍適用的弊病。與違約金和預付款相比，信用證可最大限度地防止合同詐騙的發生和三角債的存在。違約金或預付款往往被騙子用來作為麻痹對方的工具。
我國加入wto后，企業之間的貿易活動使國界更加模糊化。同時金融行業的競爭將更加激烈，相信隨著外資金融機構的介入和金融工具的創新，企業在經濟活動中將越來越多地運用國際慣例，包括利用信用證結算。我國企業必須盡快學會運用信用證這一國際結算方式。
(2)簽約后對合同風險管理的創新
合同簽訂后，物流服務提供方往往存在款項回收不暢的問題。企業間的這種三角債使得企業大量資金被應收賬款占用，形成理不清、剪不斷的債務鏈，資金周轉速度減慢，企業成本增加，市場風險加大。對于原本資金緊缺的小型企業而言，三角債更是雪上加霜，嚴重制約著企業的發展。第三方物流企業可在簽約后采用以下手段融通資金，防止三角債的困擾。
①保理。保理是對企業應收賬款提供的一項金融服務，是由專門的保理商將企業之間的應收賬單買下，然后代為收款和提供融資。企業不但可通過保理將其應收賬款的收款風險轉移給保理商，依靠保理商的專業技能對客戶信用進行分析和管理，而且可合理運用保理融資功能，保持企業現金流的穩定。目前，我國交通銀行等已把這一國際慣例引入國內，推出了國內保理業務。
保理主要適用于資金融通困難的企業，如中、小型企業和缺乏信用管理技能的大型企業。
②信用保險。信用保險是一種責任保證保險，是以信用交易中債務人的信用作為保險標的，在債務人未能如約履行債務清償而使債權人遭受經濟損失時，由保險人向饋權人提供風險保障的一種保險。目前信用保險僅有進出口信用保險，國內買賣之間的信用保險尚未開展。
③允許利用法律手段，應對合同糾紛的發生。在訂立合同后，企業還應密切跟蹤合同履行過程中的各個環節，收集相關資料。在對方違約包括預期違約時，及時采取有效的法律手段，避免和減少自身損失的發生，以維護自身合法權益。合同法規定，當事人在發現對方有違約或其他侵犯當事人權益的行為時可行使抗辯權，追究對方締約過失責任和違約責任，進行合同保全。
④制定應對網絡經濟時代的規章制度。加入wto后，我國第三方物流企業可通過國內、國際兩個市場，融通技術、資金等，尋找我國企業發展中稀缺的資源，并從全球采購物美價廉的產品或服務，提升企業競爭力。特別是進入新世紀以來，涵蓋先進控制和優化控制技術、電子商務以及企業資源計劃等在內的信息技術的發展，為企業實現全球采購、獲得最佳的供應商和最好的產品價格提供了可能性。電子商務已成為企業利用信息技術進行節能降耗、減員增效的有力工具，成為企業可持續發展的重要保證和有效手段。但第三方物流企業也要充分認識網絡交易在安全性方面所存在的缺陷。為此，企業要在電子商務方面建立健全的規章制度，并積極推動政府部門的立法機關完善電子商務方面的立法。
在經濟全球化的今天，在我國第三方物流業存在誠信缺失的情況下，企業要生存和發展，開拓市場、獲取利潤固然重要，保證權益不被侵害更為重要。為此，企業還要不斷創新，充分運用各種法律手段規避和化解經營管理中存在的各種風險，切實維護自身的合法權益。