受諸多因素影響，傳統水運被分為內河與海洋兩個相對獨立的閉合循環，貨物進出內陸通常采用一二三程運輸方式，即貨物要通過不厭其煩地轉運，或者在大的直航海船與小的江船之間轉卸搬運，或者經陸路將集裝箱運往碼頭裝船，運輸的環節多、周期長、貨損大、成本相對高。江海聯運則實現了內河運輸和海上運輸之間的連續運輸，體現出許多的優越性：
(1)減少運輸環節、轉船次數和操作手續，縮短運輸周期，從而適應貨主對快速化和物流化的服務要求。如由于運輸速度提高，從重慶發出的船只10天就能到達上海，再過1天就能到達溫州，到北方所有港口只需要14天，到南方最遠的海口也僅需18天。
(2)節省重復無意義的卸貨、載貨人力物力，降低了運費。據測算，與傳統的中轉方式比較，江海直達能使每噸礦石運輸費節約10%—20%，從重慶至溫州、寧波、福州等地的貨物運輸江海聯運價格最為便宜，一個集裝箱從重慶經江海直達到東北，價格比鐵路直達要便宜1/3。
(3)降低貨物的途中損耗1%以上，既減少了貨損貨差，又降低了環境污染。
(4)為運輸企業拓展市場、地方政府發展經濟創造了條件。長江航運集團通過江海聯運將滾裝船運輸業務從長江線延伸至東南亞、中東和南非，擴展了企業的運輸業務。黑龍江省通過江海聯運，將滿載大米的千噸貨輪從烏蘇里江東安港和松花江同江港運抵浙江溫州(經撫遠、俄阿穆爾河、韃靼海峽、日本海、朝鮮海峽、東海)，開辟了商品糧的新市場。
(5)為內河航運發展提供了基礎，為國家綜合運輸體系新格局的形成提供了支持。通過集裝箱江海聯運，重慶港從重慶延伸到了涪陵、萬州，港口腹地擴張到了四川、貴州，內河航運得到振興;由于江海聯運的發展，長江三角洲、珠江三角洲、黑龍江流域的運力結構更趨合理，一定程度上緩解了鐵路運力緊張的局面;提高了上海國際航運中心的地位。