1、功能：
加工區的功能單一，僅限于產品外銷的加工業務。但區內可設立少量為加工企業生產提供服務的倉儲企業以及經海關核準專門從事區內貨物進、出的運輸企業；保稅區的功能為：加工、貿易、倉儲及展覽。
2、退稅政策：
國內原料、物料等進入加工區視同出口，海關按照對出口貨物的有關規定車理報關手續，并在貨物辦理入區報關環節簽發出口退稅報關單，區外企業憑報關單出口退稅聯及有關憑證向稅務部門辦理出口退（免）稅手續；
進入保稅區的國內貨物，必須等貨物實際離境后，才能辦理出口退稅手續；
3、成品內銷政策：
加工區銷往境內區外的貨物，海關按照對進口貨物的有關規定辦理報關手續，并按制成品征稅。
保稅區內銷的貨物，海關根據貨物的實際情況，作分別處理。只有當內銷成品完全由進口料件組成時，才按成品征稅。
4、國內稅收政策上：
國家對區內加工出口的產品和應稅勞務免征增值稅、消費稅。
保稅區內國家對應稅勞務沒有免稅優惠。