航道行政管理的基本原則，主要包括航道行政法制原則(亦稱合法行政原則)，航道行政管理合理原則，航道行政管理公開原則，航道行政管理服務原則。　
航道行政管理法制原則，是我國憲法規定的社會主義祛制原則在航道行政管理中的體現和具體化。其總體要求是，航道行政管理必須依法行政，必須做到有法可依、有法必依、執法必嚴、違法必究。　
航道行政管理合理原則又稱航道行政管理適當原則，是指航道行政管理機關必須公平、正當、合理地行使航道行政權。航道行政管理機關的行政行為，不僅要合法，而且要合理：法律賦予其自由裁量權，并不允許它任意作為，否則，將受到應有的法律制裁。　
航道行政管理公開原則，是指航道行政機關進行的航道行政管理活動，不加隱蔽地一律向社會公開。具體地說，航道行政所依據的法律規范必須是公開的；具體的航道行政過程是公開、開放的；更重要的是，在航道行政實施過程中，航道行政管理相對人有申辯和了解有關情況的權利。　
航道行政管理統一原則的基本涵義是，航道行政權的實施必須統一，即航道行政權的統一，航道行政法制的統一，航道行政管理活動的統一。　
航道行政管理服務原則的具體要求是航道行政管理必須努力為人民服務，必須全心全意為航道行政管理相對人服務，必須處理好國家、集體、個人三者之間關系，全心全意為社會服務。