1、口岸電子執法系統使進出口執法管理更加規范、統一、透明，有利于推動政府部門廉政高效，使相關各部門、各個操作環節相互監督和相互制約。
2、有利于提高進出口貿易效率，降低企業通關成本。
3、有利于打擊和防范經濟性犯罪，從根本上杜絕不法分子的造假。
“口岸電子執法系統”與海關通關作業改革相互支持、互為補充。“口岸電子執法系統”中的報關單申報系統為通關作業改革中的審單作業系統提供正確有效的電子報關數據，并實現企業向海關聯網報關；反之，海關通關作業的數據通過“口岸電子執法系統”放入數據庫，為其他相關管理部門的執法管理提供了依據。