集裝箱進口貨運作業程序主要有：
1、傳遞貨運單證
以往主要由出口港在船舶開航后，寄送貨運單證至到達進口集裝箱管理部門，現在我國主要集裝箱碼頭，已開始采用單證edi來完成。
2、集裝箱卸船準備
船舶抵港前幾天，船公司或其代理人應將下述單證送交碼頭業務部門：
① 貨物艙單（cargo manifest）；
② 集裝箱清單（container loading list）；
③ 積載圖（stowage plan）；
④ 集裝箱裝箱單（container load plan/clp）；
⑤ 船舶預計到港通知書；
⑥ 裝船貨物殘損報告；
⑦ 特殊貨物表。
碼頭堆場根據這些單證，結合碼頭實際情況，安排卸貨準備，并制訂出集裝箱卸船計劃、堆場計劃、交貨安排等。
3、卸船與堆放
碼頭堆場根據制訂的卸船計劃、堆場計劃從船上卸下集裝箱，堆放到堆場指定的箱位，應注意以下事項：
① 空箱與重箱應分開堆放；
② 了解重箱內貨物的詳細情況；
③ 是否要安排中轉運輸；
④ 在碼頭堆場交貨，還是在貨運站交貨；
⑤ 預定的交貨日期。
4、交貨
根據不同的交貨對象，主要業務有：
① 交付給收貨人：當收貨人或其代理人前來提取集裝箱時，應出具船公司或其代理人簽發的提貨單，經核對無誤后，碼頭堆場將集裝箱交給收貨人或其代理人。交貨時，碼頭堆場和收貨人雙方在交貨記錄上簽字交接，如對所交接貨物有批注，應將該批注記入交貨記錄，交貨記錄是證明承運人責任終止的重要憑證。
② 交給集裝箱貨運站：如系拼箱貨，則由集裝箱貨運站從碼頭堆場上將集裝箱運至貨運站，并由其拆箱將貨交付給收貨人。拼箱貨提貨前，先由船公司委托的貨運站與碼頭堆場取得聯系，憑經海關放行的交貨記錄從堆場領取集裝箱，雙方辦理交接手續，在集裝箱裝箱單上簽字，作為貨箱交接的依據。收貨人或其代理憑船公司簽發的提貨單到貨運站提貨，經貨運站核對無誤后，即可交貨，雙方并在交貨記錄上簽字交接。
③ 交給內陸承運人：如集裝箱原封不動運往內地交貨地點，碼頭應與船公司或其代理取得聯系后，把集裝箱交給內陸承運人。如海上承運人責任終止于碼頭堆場，則以交貨記錄進行交接；如內陸承運人作為海上承運人的分包承運人，海上承運人則對全程運輸負責，碼頭堆場和內陸承運人只需辦理內部交接手續，在集裝箱運至交貨地點后再辦理交貨記錄。
5、有關費用收取：碼頭堆場在將集裝箱交給收貨人時，應查核貨物是否發生了保管費、再次搬運費等費用，如發生上述各項費用，則碼頭堆場應在收取費用后，再交付集裝箱。
6、編制交貨報告及未交貨報告：碼頭堆場在交貨結束后，編制交貨報告送交船公司或其代理，作為船公司在處理收貨人提出貨物丟失或損壞要求賠償的依據；如發生收貨人不按時提貨，應編制未交貨報告送交船公司，由船公司據以摧提，如收貨人長期不來碼頭堆場提貨，則應按有關規定處理。主要進口貨運作業單證有：
① 提貨單；
② 卸箱清單；
③ 理貨單證；
④ 集裝箱摧提單和摧提進口貨清單；
⑤ 拆箱單；
⑥ 交貨記錄；
⑦ 到貨通知單。