倉單質押貸款作為物流與金融結合的主要方式，為中小企業解決融資難問題提供了有效途徑，也為銀行業帶來了新的利潤增長點。但對于農村合作金融機構來說，由于各個倉儲機構在側重點和信譽度上的不同，其出具的倉單在制作格式、內容以及操作程序、可靠性上都有很大差異。因此，倉單質押貸款在操作上需更加注意控制風險。
在倉單質押貸款的實際操作中，表面上質押的是倉單，但貸款人銀行之所以提供貸款的依據還是倉單所代表著的貨物的價值。貨物又是由第三方保管的，借款到期債權不能實現時，貨物能否提取、由借款人及銀行之外的第三方出具的倉單代表的物權能否實現、質押合同能否順利執行，第三方起著至關重要的作用。倉單質押對于第三方的效力主要體現為協助、保證質押合同的順利執行。
在普通倉單的質押中，銀行一般通過與倉儲企業及借款企業簽署“三方合作協議”，并與倉儲企業簽訂“協助保證書”來規范各方的行為，從而為質押合同順利執行提供保證。
● 防范信用風險
在普通倉單質押貸款的操作中，信用風險是最主要最基礎的風險，是指貨主企業和第三方企業的資信風險，即關于貨物價值和倉單代表的權利的風險。所以，銀行在資信考察方面首先要注意考察貨主企業和第三方企業的經營能力、經營狀況、在行業中所處的位置及其資產負債情況等經濟信息。另外，還要注意其所處的信用環境，尤其是其歷史履約狀況和履約意愿，杜絕與有不良信用記錄的伙伴合作。
● 防范市場風險
市場風險主要是指由于市場價格波動導致的倉單貨物損失的風險。防范這個風險要注意從兩個方面著手：
第一，注意質押商品的選擇。不是所有的商品都適合倉單質押，要選擇適用廣泛、易于處置、價格漲跌幅度不大、性質穩定的商品作為倉單質押商品。
第二，注意倉單代表價值的足額與充分。由于評估機構的資質及信譽問題，倉單質押貨物評估價值中會有泡沫，質押貨物價值也會因市場價值的變化而導致質物的不足額不充分。因此，銀行一定要選擇資質好、信譽佳、水平高的評估機構。同時要有專門負責人適時披露風險點，對損失嚴重的質物要求增加足額充分的擔保。
● 防范法律風險
法律風險主要是指由于不能滿足或違反法律要求導致銀行發生法律糾紛而帶來的風險。防范法律風險要做到留置權不應優先于質權。根據我國《擔保法》和《合同法》規定，倉儲合同的保管人對保管貨物享有留置權，而該留置權優先于質權的行使，因此當貨主與倉儲機構發生費用糾紛，倉儲機構行使留置權時就可能影響到銀行質權的實行。銀行可與倉儲機構在協議中約定留置權的行使不應優先于質權.
此外，銀行還要注意質物來源的合法性，不合法貨物的質押是無效的，尤其是對于走私及違禁物品要及時舉報。
● 防范操作風險
在實際操作中，我國使用的普通倉單形式很不統一，效力和作用也有一定的差異。因此，銀行首先要注意對倉單格式和內容進行要求，使用固定的格式統一印制，同時派專人對倉單進行管理，與倉儲機構達成統一認識，以防止出現偽造或無效倉單，也可避免一些倉儲機構以入庫單為倉單，而以提貨單為提貨憑證所帶來的風險糾紛。
其次，還應注意質押倉單背書的必要性。倉單質押一般要求出質人在倉單上背書，雖然倉單不背書不影響質押合同的效力，但我國最高人民法院《關于適用擔保法若干問題的解釋》第98條規定：“以匯票、支票、本票出質，出質人與質權人沒有背書記載‘質押’字樣，以票據出質對抗善意第三人的，人民法院不予支持。”第99條規定：“以公司債券出質的，出質人和質權人沒有背書記載‘質押’字樣，以債券出質對抗公司和第三人的，人民法院不予支持。”因此，在實際操作中，倉單質押除簽訂書面質押合同外，在倉單上進行背書是必要的。