對跨境電商來說，物流成本控制是根據計劃目標積極影響成本的發生和形成過程以及成本的影響，以確保物流成本計劃管理的實現。從生產經營過程來看，成本控制包括事前控制、事中控制和事后控制。
成本預控是整個成本控制活動中最重要的環節，直接影響到未來各種操作流程的成本。事前成本控制活動主要包括物流配送中心的建設控制、物流設施設備的配置控制、物流運營過程的改進控制等。
物流成本組成：
物流成本一般包括倉儲成本、運輸成本、信息成本、管理成本，各項成本必須細化。如倉儲成本：所有與倉儲活動相關的成本，訂單成本、貨物利息、貨物折舊損失、采購成本、倉儲成本、采摘成本、配送成本、流通加工成本、搬運成本、倉庫設施設備折舊、勞動力成本等。
運輸成本：外部單位運輸成本、車輛使用成本（保險費、年度審核費、油費、路橋費、折舊費、維護費、勞動力成本等）。
信息成本：系統開發攤銷費、系統維護費、系統相關設施設備折舊費；
管理成本：各類管理人員的勞動力成本。
如何控制物流成本？
1、絕對成本控制
這是一種將成本支出控制在絕對金額以內的成本控制方法。物流成本控制的絕對成本控制是通過節省各種成本和消除浪費的方式進行的，要求運營和生產過程中發生的所有成本都納入成本控制范圍。標準成本和預算控制是絕對成本控制的主要方法。
2、相對成本控制
它是通過對成本和產值、利潤、質量和功能的比較和分析，在一定的限制下尋求最經濟效益的控制方法。
相對成本控制擴大了物流成本控制領域，要求人們在努力降低物流成本的同時，充分關注產品結構、項目結構、服務質量水平、質量管理等與成本密切相關的因素，目的是提高控制成本支出的效率，減少單位產品成本投資，提高整體經濟效益。