目前，跨境電子商務物流存在以下問題：
運輸成本高
目前，大多數中小零售企業仍采用郵包、專線等方式進行物流運輸。如果客戶有大量的批發，可以考慮。如果顧客只買了一件，商業快遞就不會有回報。但從整體上看，郵包或專線的成本仍然高于商品的利潤。一般來說，物流成本應控制在總成本的30%左右。除了通關費和掛號費外，如果貨物在運輸過程中被海關丟失或退回，跨境電子商務零售企業的跨境物流成本將進一步增加甚至虧損。
運輸時間長，物流信息跟蹤不及時
跨境物流環節多，覆蓋面廣。國內運輸、海關查驗、通關、國外配送等環節所需時間遠遠超過國內物流。為了控制物流成本，中小跨境電子商務零售企業往往選擇物流成本較低的物流模式。我們都知道，商業快遞的價格昂貴，除了其服務范圍廣、服務好外，還有運輸速度快、簽收時間短的好處。如果選擇物流成本低的運輸方式，物流周期也會增加。如遇特殊情況，如一些邊遠地區或國家通關困難，可能需要2-3個月才能簽到。
退換貨困難，客戶體驗差
網上購物和我們去實體店購物不一樣。由于網上購物沒有親身體驗，當顧客收到實物時，會出現預期與實際之間的差距，容易導致退貨或不良問題評價。跨境電子商務的退換貨與國內的退換貨不同，運費直接由賣方承擔。海外退貨零件的運費非常昂貴，比發出的運費高出幾倍甚至幾十倍。對賣方來說，它寧愿丟棄和重新發送貨物，也不愿退貨和換貨。即使是退貨，也沒有完整的退貨物流渠道。在歸還過程中，可能會丟失。
海外倉庫利用率低
海外倉可以很好的解決客戶退貨和換貨問題，但是，對于中小跨境電子商務零售企業來說，使用海外倉庫的頻率非常低。首先，由于產品零售，訂單可能來自世界各地，不局限于他們自己的國家；其次，由于海外倉庫的倉儲成本高，對于中小型跨境電子商務企業來說，倉儲成本高是一筆非常大的開支；第三，由于海外倉庫庫存控制、運輸過程中的不良品、倉庫中堆積如山的滯銷品、顧客退貨換貨等都需要賣方考慮如何處理、銷毀、低價銷售或運回中國，而且手續費也是一筆不小的開支。