隨著馬士基、赫伯羅特、達飛接連公布碳稅附加費參考價，歐盟排放交易系統(eu-ets)對海運業的影響開始進入現實，但目前3家船公司給出的參考價幾乎看不出統一標準，同一航線上的價差就高達98歐元/40尺箱（約人民幣755.13元）。這里列出的參考價基于2024年，只需繳納40%的碳稅，如果到了2026年全額繳納，msc曾預警每個冷箱可能要多出高達500歐元（約人民幣3852.71元）的成本。難怪貨主對此惴惴不安，歐盟港口則憂心貨量流失，eu-ets碳稅究竟會如何影響海運業呢？
歐盟排放交易系統始于2005年，目前適用于30個國家（27個歐盟成員國+3個歐洲經濟區國家），受監管的企業根據碳排放量購買相應配額（eu allowances），每排放一噸二氧化碳對應一個配額。2024年起，船公司需要監測并報告每年的船舶碳排放量，碳稅覆蓋了總載重噸5000噸以上的船舶。因5000載重噸相當于300teu，僅有部分駁船可免稅，即使在歐洲內部航線中，100-999teu箱量的船舶也僅占14%，亞歐航線及北歐至美東的主干航線中無一能免稅。
需要繳納碳稅的航程范圍是這些船舶從歐盟到非歐盟港口、以及非歐盟港口到歐盟港口航程排放量的50%；歐盟港口之間航程排放量，以及掛靠歐盟港口排放量的100%。（不過如果船舶停靠港口僅僅是為了加注燃料、補給、更換船員，或者船舶在港口外過駁等，不計入掛靠）。簡言之，一條航線中，只要有一端掛靠了歐盟港口，就要計算那段航程50%的排放量，在歐盟港口之間的所有排放都要計入。
海運業將分階段繳納碳稅，2024年繳納經核定排放量40%的配額，2025年增加至70%，2026年至100%。2026年起，除二氧化碳外，ets法規還將擴展到另外兩種溫室氣體，一氧化二氮和甲烷。此外，歐盟還計劃推出fuel eu法規，通過限制船舶年度溫室氣體排放強度，促使船舶使用可再生或其他新能源作為船舶燃料。
由于征稅主體是運營船舶的船公司，eu-ets碳稅最終無疑會以附加費的形式轉嫁到貨主身上，關鍵是船公司之間的附加費參考價差距太大，充滿了不透明性。
第1個問題是，碳稅的征收對象是每條船舶每年的排放量，船公司則會根據每個箱子來收費，還有監測成本等等問題，因此船公司可能采用不同的計算方式，貨主則無從得知每個箱子的排放量是多少。據挪威船級社估算，假設碳稅價格是90歐元每噸，一艘部署在亞歐航線上的5000teu級別集裝箱船每年排放約40000噸二氧化碳，因為掛靠的港口一端位于歐盟，計入20000噸（50%），再加上在歐盟港口內排放的2500噸，總計22500噸，由于2024年的繳納基準是40%，2024年需交22500x40%x90=81萬歐元，2025年是141.75萬歐元，2026年就是202.5萬歐元。這些成本如何分攤到每次航程每個箱子，只有船公司知道。
第2個問題是，船公司要先監測排放量后交稅，在次年的9月繳納前一年全年的碳稅，貨主卻要提前付附加費。船公司通過預測2025年會交多少稅，來為2024年的附加費定價，但碳稅價格是浮動的。
由于歐盟減排幅度逐年增長，碳稅配額會不斷縮減，價格也會隨市場波動，船公司可以參與歐洲能源交易所拍賣，在一級市場上以固定價格購買，也能在二級市場上買賣。今年2月，eu-ets的碳價格達到100歐元/噸的峰值，目前徘徊在85歐元左右，據倫敦證券交易所估計，如果歐盟要在2040年達成凈減排90%的目標，屆時碳價格可能會突破400歐元/噸。在歐盟范圍內，海運產生的碳排放量占總量的3%至4%，海運業進入碳市場后，碳價格也許不會太過波動，馬士基就將估算基準值定為90歐元/每噸，可會變動的市場依然有很多不確定性。
丹吉爾地中海港（tanger-med）為歐盟外轉運港，阿爾赫西拉斯（algeciras)為歐盟港口
第3個問題是，因為成本較高且不可控，船公司會想方設法避稅，如安排大船停靠歐盟外轉運港卸下箱子，通過駁船轉運至歐盟港口，或增加掛靠非歐盟港口，最終反而可能會增加航程并增加碳排放，對歐盟港口吞吐量也帶來負面影響。因此，歐盟規定，往返歐盟外港口與歐盟外轉運港航程碳排放的50%，以及往返歐盟外轉運港與歐盟港口航程碳排放的50%也要繳稅。這些轉運港的定義是距歐盟港口不到300海里，且每年集裝箱轉運量超過港口總運輸量的65%。歐盟將于今年年底前公布轉運港的清單，并每兩年更新一次。
但對轉運港的限制不能打消歐盟港口的擔憂，歐洲海港組織（european sea ports organisation）指出，65%的標準太低，除丹吉爾地中海港、塞得港等大型轉運港外，歐盟周邊很多港口都具備轉運能力，船公司也正在加大對這些港口的投資。瓦倫西亞港務局就列出了土耳其的ambarli、aliaga和mersin港，以色列的ashdod、海法港，黎巴嫩的beirut港，埃及的damietta港，摩洛哥的nador west med港，阿爾吉利亞的cherchell港等。即使轉運港受到限制，在現行規定下，掛靠轉運港也比掛靠歐盟港口更有利。該組織還稱，他們已經聽聞有些航線準備改道。
對于船公司可能更改航線，使得歐盟港口競爭力降低，鹿特丹港曾委托咨詢機構進行案例研究。當碳配額價格較高，規避成本（港口成本、運營成本、租船成本）較低，前往歐盟港口最后航次或從歐盟港口出發的首航次排放量較高，轉運成本較低的情況下，通過改變港口掛靠順序、增加歐盟外港口停靠確實有利可圖。研究時參照的碳價格中間值為67歐元/每噸，燃料成本是491歐元/每噸，與現在相比不可同日而語，船公司最終會如何抉擇，很難預料，歐盟周邊的轉運港將迎來發展良機。