在龐大的物流市場中，競爭者也迅速涌入，令物流企業喜憂參半。如何提高市場競爭力，在市場中占據一席之地并良性發展，是值得思考的問題。除了提高物流設備、專業技術之外，物流企業管理問題已經成為困擾當下物流行業發展的最大阻礙。以下是物流企業管理中常見的四大問題：
一、新老員工交替太難
物流公司的員工流動性普遍很大，裝卸貨的來來去去也就罷了，收貨的和電腦開單的人員流動就會造成很多工作失誤，單開錯啊，貨收錯等等。從根本上來講，造成這個問題最大的原因還是公司缺少標準化制度，例如收費標準。
二、貨款安全
在傳統模式下，回款方式一般為落貨公司以現金形式收取代收貨款、運費等費用，等現金積攢到一定程度之后再由落貨公司通過銀行轉賬或者現金存款的方式歸集到 總公司，效率慢、風險大且無法有效的利用資金。代收貨款和運費的支付又分為自提和送貨兩種情形。自提是由提貨人帶現金到物流公司門頭提貨付款，提貨人一般 是由貨主安排的工作人員而非貨主本人，付款過程中如果有加收費用而提貨人現金不夠的情形就會無法正常提貨。送貨是由物流公司安排配送人員將貨物配送到指定 地點，收貨方收貨付現金，配送員攜帶大量現金，存在一定的安全隱患。
三、普遍吃回扣
回扣可以分為兩種，第一是其他貨運單位轉過來的貨物需要給一個約定的差價，第二是發貨方司機發貨時所要的好處。第一種盡管為很多企業所不喜，但它是合法 的，而且管理相對透明，其中的漏洞也比較少，存在回扣的地方是雙方談承運價的時候，可能會通過一些好處費，讓地方主管降低承運價。而另一種，是因為大多數 物流公司采用較為隱性的管理方式，導致其中存在很多漏洞。比如工作人員可以擅自修改單子上的金額，18元改8元，17元改7元，有些公司操作員，甚至短短兩周就靠這些小操作吃掉了近5000元。
四、出現丟貨少貨
很多公司會把丟貨少貨統計出來，作為年終考評主管的依據，但是很少有公司回去分析丟貨少貨的原因。主要原因大概有，收貨時就少了，實際收的貨物和開的單子有出入;收貨時沒放對位置，裝錯車的;到站時卸錯站了;到站后經過多級中轉導致貨物莫名其妙就沒了。