電子商務使物流網絡的變化表現在：一個方面是和信息直接相關的物流網絡，另一方面是實際的物流網絡。
(1)物流網絡信息化
物流的網絡信息化是物流信息化的必然，是電子商務下物流活動的主要特征之一。當今世界internet等全球網絡資源的可用性及網絡技術的普及為物流的網絡信息化提供了良好的外部環境。
網絡信息化主要指以下兩種情況：第一是物流配送系統的計算機通信網絡，包括物流配送中心與供應商或制造商的聯系要通過計算機網絡，另外與下游顧客之間的聯系也要通過計算機網絡通信。第二是組織的網絡，即intranet。
(2)實體物流網絡的變化
物流網絡可劃分成線路和結點兩部分，其相互交織連結，就成了物流網絡。我們知道物流結點設施的設置，將確定如何進行存貨、交付，還融合進運輸能力。
首先，倉庫數目將減少，庫存集中化。配送與jit的運用已使某些企業實現了零庫存生產，將來由于物流業會成為制造業的倉庫與用戶的實物供應者，工廠、商場等都會實現零庫存， 自然也不會再設倉庫了。配送中心的庫存將取代社會上千家萬戶的零散庫存。
其次，將來的物流結點的主要形式是配送中心。現在，倉庫的專業分工將其分為兩種類型，一類是以長期貯藏為主要功能的“保管倉庫”，另一類是以貨物的流轉為主要功能的“流通倉庫”。在未來的電子商務環境下，物流管理以時間為基礎，貨物流轉更快，制造業都實現“零庫存”，倉庫又為第三方物流企業所經營，這些都決定了“保管倉庫”進一步減少，而“流通倉庫”將發展為配送中心。 物流中心己成為城市功能的有機組成部分，一般來說，其選址應處于市區邊緣和交通樞紐結點。目前在實踐中，城市綜合物流中心的籌建已經開始，它是上述變化的一個具體體現。城市綜合物流中心將鐵路貨運站、鐵路編組站和公路貨運站、配送、倉儲、信息設施集約在一起，可以減少必須經過大規模編組站進行編組的鐵道運輸方式，實現各城市綜合物流中心之間的直達貨物列車運行，使“一次運輸”順暢化；又可以利用公路運輸實行貨物的集散、完成“二次運輸”；還可以實現配送中心的公用化、社會化，并使庫存集中化。物流中心己成為城市功能的有機組成部分，一般來說，其選址應處于市區邊緣和交通樞紐結點。
第三，綜合物流中心將與大型配送中心合而為一。