船旗國管轄是指各國對在其領土內登記并取得該國國籍的船舶、船舶上的一切人和物及其船舶上發生的事件所實行的管轄。　
1952年5月10日在布魯塞爾簽訂的《統一船舶碰撞或其他航行事故中刑事管轄權方面若干規定的國際公約》，只承認碰撞船舶的負責人所在船舶的船旗國擁有這種管轄權。《公約》規定，“在海運船舶發生碰撞或任何其他航行事故，而涉及船長或船上任何其他工作人員的刑事和法律責任時，刑事或紀律案件僅能向發生碰撞或其他航行事故時船舶所懸旗幟國家的司法或行政機關提出”；“除船舶所懸旗幟國家當局外，任何當局都不得下令扣留或扣押船舶，即使作為調查手段，也不例外”。　
1958年《公海公約》進一步確認了船旗國專屬管轄權。1982年《聯合國海洋法公約》規定，船旗國對其在公海上航行的船舶具有專屬的管轄權。“每個國家應對懸掛該國旗幟的船舶有效地行使行政、技術及社會事項上的管轄和控制。”“遇有船舶在公海上碰撞或任何其他航行事故涉及船長或任何其他為船舶服務的人員的刑事或紀律責任時，對此種人員的任何刑事訴訟或紀律程序，僅可向船旗國或此種人員所屬國的司法或行政當局提出。”