對貨運發(fā)票的作廢的操作，《國家稅務(wù)總局關(guān)于使用新版公路、內(nèi)河貨物運輸業(yè)統(tǒng)一發(fā)票有關(guān)問題的通知》(國稅發(fā)[2006]67號)規(guī)定為“在填開和打印時發(fā)現(xiàn)有誤的，可即時作廢，并在廢票全部聯(lián)次監(jiān)制章部位作剪口處理，在領(lǐng)購新票時交主管稅務(wù)機(jī)關(guān)查驗”。　
納稅人需要注意的是，此項條款已經(jīng)作廢，在以后進(jìn)行貨運發(fā)票作廢操作時要遵照新規(guī)定。本次《通知》規(guī)定，在開具貨運發(fā)票的當(dāng)月，發(fā)生取消運輸合同、退回運費、開票有誤等情形，開票方收到退回的發(fā)票聯(lián)、抵扣聯(lián)符合作廢條件的，按作廢處理；開具時發(fā)現(xiàn)有誤的，可即時作廢。　
《通知》規(guī)定了作廢發(fā)票必須數(shù)據(jù)處理和紙質(zhì)處理同步，作廢貨運發(fā)票必須在公路、內(nèi)河貨物運輸業(yè)發(fā)票稅控系統(tǒng)(以下簡稱貨運發(fā)票稅控系統(tǒng))開票軟件(包括自開票軟件和代開票軟件)中將相應(yīng)的數(shù)據(jù)電文按“作廢”處理，在紙質(zhì)貨運發(fā)票(含未打印貨運發(fā)票)各聯(lián)次上注明“作廢”字樣，全部聯(lián)次監(jiān)制章部位作剪口處理，在領(lǐng)購新票時交主管稅務(wù)機(jī)關(guān)查驗。　
作廢發(fā)票必須同時具有以下情形：　
(1)收到退回發(fā)票聯(lián)、抵扣聯(lián)的時間未超過開票方開票的當(dāng)月；　
(2)開票方未進(jìn)行稅控盤(或傳輸盤)抄稅且未記賬；　
(3)受票方為增值稅一般納稅人的，該納稅人未將抵扣聯(lián)認(rèn)證或認(rèn)證結(jié)果為“納稅人識別號認(rèn)證不符”(指發(fā)票所列受票方納稅人識別號與申報認(rèn)證企業(yè)的納稅人識別號不符)、“發(fā)票代碼、號碼認(rèn)證不符”(指機(jī)打代碼或號碼與發(fā)票代碼或號碼不符)。不符合條件的，不得進(jìn)行作廢操作。