對貨運發票的作廢的操作，《國家稅務總局關于使用新版公路、內河貨物運輸業統一發票有關問題的通知》(國稅發[2006]67號)規定為“在填開和打印時發現有誤的，可即時作廢，并在廢票全部聯次監制章部位作剪口處理，在領購新票時交主管稅務機關查驗”。　
納稅人需要注意的是，此項條款已經作廢，在以后進行貨運發票作廢操作時要遵照新規定。本次《通知》規定，在開具貨運發票的當月，發生取消運輸合同、退回運費、開票有誤等情形，開票方收到退回的發票聯、抵扣聯符合作廢條件的，按作廢處理；開具時發現有誤的，可即時作廢。　
《通知》規定了作廢發票必須數據處理和紙質處理同步，作廢貨運發票必須在公路、內河貨物運輸業發票稅控系統(以下簡稱貨運發票稅控系統)開票軟件(包括自開票軟件和代開票軟件)中將相應的數據電文按“作廢”處理，在紙質貨運發票(含未打印貨運發票)各聯次上注明“作廢”字樣，全部聯次監制章部位作剪口處理，在領購新票時交主管稅務機關查驗。　
作廢發票必須同時具有以下情形：　
(1)收到退回發票聯、抵扣聯的時間未超過開票方開票的當月；　
(2)開票方未進行稅控盤(或傳輸盤)抄稅且未記賬；　
(3)受票方為增值稅一般納稅人的，該納稅人未將抵扣聯認證或認證結果為“納稅人識別號認證不符”(指發票所列受票方納稅人識別號與申報認證企業的納稅人識別號不符)、“發票代碼、號碼認證不符”(指機打代碼或號碼與發票代碼或號碼不符)。不符合條件的，不得進行作廢操作。