物流系統(tǒng)分析是一種仍在不斷發(fā)展中的現(xiàn)代科學(xué)方法，雖然已在很多領(lǐng)域采用并取得顯著成效，但是實際情況下，并不是任何物流系統(tǒng)都可用系統(tǒng)分析的方法來研究，因為要考慮到經(jīng)濟與時效等因素。為此，在采用物流系統(tǒng)分析前，要注意以下幾個方面：
（1）物流系統(tǒng)分析是一個長期的工作，它貫穿在物流系統(tǒng)規(guī)劃、運行評價、優(yōu)化改善的全過程中。因為物流系統(tǒng)分析的總目標(biāo)就是尋找物流系統(tǒng)的最優(yōu)途徑，而物流系統(tǒng)運行過程中，它所處的外界環(huán)境及其內(nèi)部構(gòu)成都不斷地變化和運動，系統(tǒng)分析就要抓住這些信息，總結(jié)和歸納出這些特征，找到系統(tǒng)達到效益最優(yōu)的途徑和方法。可以說，只是有物流系統(tǒng)存在運行，物流系統(tǒng)分析工作就是時時刻刻地進行。總之，物流系統(tǒng)分析需要有高度能力的分析人員辛勤而漫長的工作。
（2）物流系統(tǒng)分析雖然對制定決策有很大的幫助，但是它不能完成代替想象力、經(jīng)驗和判斷力。物流系統(tǒng)分析只能是將研究問題運用數(shù)學(xué)的方法或模型，推解出相優(yōu)化的備選方案。在將現(xiàn)實問題歸納成數(shù)字模型的過程中，必然舍去了一些無法運用數(shù)學(xué)方法進行分析的因素，而這些因素可能對系統(tǒng)的實際運行產(chǎn)生影響，因此當(dāng)管理者進行選擇或決策時，必然要運用自己的經(jīng)驗、想象或直覺進行綜合判斷。
（3）物流系統(tǒng)分析基本上是考慮經(jīng)濟、效益等目標(biāo)，或者說是以經(jīng)濟學(xué)的方法來解決問題。對任何問題，通常均有不同的解決方案，應(yīng)用物流系統(tǒng)分析研究問題，應(yīng)對各種解決問題的方案，計算出全部費用，然后再進行比較。但在決策時又要注意費用最少的方案，不一定是最佳選擇，因為選擇最佳方案的著眼點，不在“省錢”，而是“有效”。