一、與托運人之間可能產生的風險
1.貨物滅損帶來的賠償風險——對物流安全性的挑戰
包括貨物的滅失和損害。可能發生的環節主要有運輸、倉儲、裝卸搬運和配送環節。發生的原因可能有客觀因素，也可能有主觀因素。客觀因素主要有不可抗力、火災、運輸工具出險等，主觀因素主要有野蠻裝卸、偷盜等。
2.延時配送帶來的責任風險——對物流及時性的挑戰
在jit原則的要求下，物流企業延時配送往往導致客戶索賠。從實踐中看，客戶索賠的依據大多是物流服務協議。也就是說，此時第三方物流企業承擔的是違約賠償責任。
3.錯發錯運帶來的責任風險——對物流準確性的挑戰
有些時候，物流企業因種種原因導致分撥路徑發生錯誤，致使貨物錯發錯運，由此給客戶帶來損失。一般而言，錯發錯運往往是由于手工制單字跡模糊、信息系統程序出錯、操作人員馬虎等原因造成的。由此給客戶帶來的損失屬于法律上的侵權責任。但同時，物流服務協議中往往還約定有“準確配送條款”，因此客戶也可以依據該條款的約定提出索賠。此時便存在侵權責任和違約責任的競合，我國合同法規定當事人得享有提起侵權責任之訴或違約責任之訴的選擇權。
二、與分包商之間可能產生的風險
1.傳遞性風險
傳遞性風險是指第三方物流企業能否通過分包協議把全部風險有效傳遞給分包商的風險。例如，第三方物流企業與客戶簽訂的協議規定賠償責任限額為每件500元，但第三方物流企業與分包商簽訂的協議卻規定賠償責任限額為每件100元，差額部分則由第三方物流企業買單。在這里，第三方物流企業對分包環節造成的貨損并沒有過錯，但依據合同不得不承擔差額部分的賠償責任。由于目前鐵路、民航、郵政普遍服務等公用企業對賠償責任限額普遍規定較低，因此第三方物流企業選擇由公用企業部門分包時將面臨著不能有效傳遞的風險。
2.詐騙風險
資質差的分包商，尤其是一些缺乏誠實信用的個體戶運輸業者配載貨物后，有時會發生因詐騙而致貨物失蹤的風險。
三、與社會公眾之間可能產生的責任風險
1.環境污染風險
第三方物流活動中的環境污染主要表現為交通擁堵、機動車排放尾氣、噪聲等。根據環境保護法，污染者需要對不特定的社會公眾承擔相應的法律責任。
2.交通肇事風險
運輸司機在運輸貨物的過程中發生交通肇事，屬于履行職務的行為，其民事責任應該由其所屬的物流企業承擔。
3.危險品泄漏風險
危險品物流有泄漏的風險，隨時會給社會公眾的生命財產安全帶來威脅，這一點值得從事危險品物流的企業警惕。