物流系統可以有多種操作模式，同樣也可以有多種組織形式，按照現行的發展情況，主要是以下三種形式：
1. 以貨主為核心，組織鐵路、海運運輸，即生產企業和商業企業承擔了供應物流的職責。
2. 以鐵路或海運承運人為核心，組織貨源，安排運輸，即生產企業和商業企業將干線運輸外包給承運部門。
3. 以第三方貨運代理為核心，組織貨源并安排全程運輸，實行全程“一條龍”服務。
在整個物流過程中，無論是貨主還是承運人都是必須存在的，由于各自具備的實力不同，致使其所處的地位不同。貨主的優勢在于有實實在在的貨源，而承運人則有物流比備的運輸工具，作為第三方的貨運代理卻可以提供溝通貨主與承運人各種服務，他們各司其職，發揮各自的能力，共同完成一個物流程序。究竟哪種組織形式最好，同樣要經過市場的檢驗，凡是能夠充分發揮各種優勢，創造最大效益的，就能成功并發展壯大。