自動化倉庫的作業管理，是負責合理安排出/入作業，完成立體倉庫在生產線與平面倉庫（或其他供料系統）之間運送物料的任務。自動倉庫出入庫管理流程如下：
1.倉庫作業管理
具體作業內容：
（1） 入庫任務與出庫是立體倉庫作業的主要內容。出/入庫的物料有毛坯和成品。下面 分述各項任務的具體內容。
毛坯出庫任務——為了滿足生產線加工的實時需要，將所需的毛坯送至指定的緩沖站。其出庫申請來自緩沖站（加工緩沖站或工位緩沖站）。出庫申請提出對物料品種、型號、數量、以及供料時限的要求。接到申請后，立體倉庫結合當前庫存情況查詢到所需物料的貨位（通常不止一個），根據貨位管理原則（參見本章3.3）確定出庫的貨位號，并立即形成毛坯出庫任務（出料貨位號、供貨最低時限、出庫臺號等）。下面分述各自的功能。
成品回庫任務——通過條碼掃描得到的。當加工好的成品回到立體庫的入庫臺前時，條形碼閱讀器將成品的信息（編號、數量等）讀入，并提出入庫申請。立體倉庫結合當前貨位情況，根據貨位管理原則為該成品尋找一合適的空貨位，同時形成成品回庫任務單。
毛坯入庫任務—通過入庫條形碼閱讀器得到的。其入庫任務形成過程與成品回庫相同。
成品出庫—mrp-ii制訂提貨計劃并通知立體倉庫后，根據廠外提貨計劃確定成品出庫的時間、數量、種類等，立體倉庫按照計劃要求，確定每一個待出庫成品的貨位號，并形成出庫任務單。
（2）出/入庫作業調度負責合理調度堆垛機來完成出入/庫作業任務，是物流系統滿足實時性要求的關鍵。
為了實現合理調度，一方面需要有合理的數據和信息作依據，另一方面要有合理的調度原則和算法。在調度堆垛機時，需要獲得以下作為參考依據的數據和信息，并在他析這些數據的基礎上根據調度原則執行調度。
這些數據信息是:
出庫任務最遲送達生產線時刻；
入庫任務申請時刻；
出／入庫任務所需執行時間；
出／入庫任務堆垛機平均執行時間；
估算出／入庫任務完成時刻的安全系數；
運輸小車故障及恢復信息；
運輸任務(包括已下發未完成的運輸任務及末下發的運輸任務)情況；
出／入庫作業調度主要是安排各出／入庫的開始執行時刻。由于堆垛機是執行出／入庫的主要設備，因而制定調度原則時主要應考慮堆垛機任務執行情況，掌握堆垛機的任務執行順序。
2、在線自動倉庫堆垛機執行任務一般遵循下列調度原則：
①出庫任務優先執行一優先執行出庫任務。在同時存在數條出庫任務時，最緊急者先執行。
②當入庫任務的執行不影響任何出庫任務的按時完成時方執行入庫任務。出庫優先于入庫并非因為入庫不重要。而是由于一般企業生產，可以把入庫安排在班后進行。而在生產班次上入庫只插空進行。
③若某一出庫任務的終點工位緩沖站所在小車環線有故障時，暫不執行該出庫任務，或將該出庫任務的終點改至出庫臺。調度原則確定后，通過一定的算法，可計算出各任務的執行時刻。
首先將任務排隊。對每臺堆垛機設入庫任務隊列。入庫任務按申請時刻排隊．，每次下發隊頭任務，出庫任務按以下公式算出的最遲執行時刻排序：
最遲執行時刻＝最遲送達緩沖站時刻一(出庫任務所需執行時間×估算出庫任務預計完成時刻的安全系數)
然后再通過如下方法加以調整。若相鄰兩個出庫任務的最遲執行時刻之差小于堆垛機平均作業時間，則提前前一任務的最遲執行時刻，使其差距為堆垛機平均作業時間。循環操作直至所有任務的最遲執行時刻的差距不小于堆垛機平均時間。圖6．9為出庫任務排隊算法的一個例子。圖中任務下標為最遲執行時刻。這里假設堆垛機平均作業時間為00：04。
(3)物流系統各項作業的實時性要求是不同的，因此對物流作業管理應考慮設置優先級。毛坯出庫直接影響生產線加工，因此實時性要求高。成品回庫影響裝夾工作站的工作，實時性要求也較高。毛坯入庫和成品出庫實時性要求較低。由于作業的產生互不關聯，因此同時產生多種請求的可能性很大。在自動倉庫的作業中有一個排序的問題。排序原則應該是在保證實時性高的作業優先被執行的前提下，合理安排其它作業。也就是采用基于優先級的作業管理原則。
3、基于優先級的作業管理原則包含兩個內容：
①作業調度時，按優先級順序服務，以保證總是首先響應當前優先級最高的作業任務，
亦即實時性要求最高的作業任務。例如，在所有的作業任務中，首先響應緩沖站提出的出庫申請。
②考慮到有的作業執行時間較長或很多情況下為提高效率采取聯合作業，這樣仍會有優先級最高的任務受到延誤的可能。所以在作業執行時，還采取可中斷搶先的原則。即在作業執行時，將作業任務分為若干執行單元。如堆垛機的一次出入庫任務，從入庫臺取貨 存入指定貨位一另一空位取貨一放到出庫臺。可以分成為取一存和取一存兩個執行單元。每一作業執行單元完成后，都再次進行作業調度。從而保證優先級較高的作業任務可以搶先中斷尚未完成的、級別較低的作業任務而被執行。待搶先的任務完成后，再繼續執行被中斷的、尚未完成的作業任務。當然，這個級別高的任務也可能被級別更高的作業任務所搶先中斷。為了提高存取效率，一般避免單項出庫。而多采用出／入庫聯合作業。
(4)在有多項出庫和入庫申請時，適當把出庫任務與入庫任務進行優化組合。使滿足條件的出庫任務和入庫任務組合成出／入庫聯合作業任務，可縮短存取周期，提高存取效率。
在出庫臺和入庫臺設在倉庫的同一端時，最簡便的作法是使入庫申請與出庫申請分別排序。將第一個出庫作業與第一個入庫作業組合為一個聯合作業任務。這種組合一般情況下在效率上都不會有損失。
當立體倉庫的出庫臺與入庫臺分設在倉庫兩端，則需考慮入庫貨位的位置與出庫貨位的位置。原則上是選取入／出庫同時作業時，堆垛機在巷道中運行路徑不重復或重復路線最短。
4．貨位管理
對自動化立體倉庫的貨位進行管理，是要合理地分配和使用貨位。即考慮如何提高貨位的利用率，又要保證出庫效率。
貨位分配包含有兩層意義，一是為出／入庫的物料分配最佳貨位(因為可能同時存在多個空閑的貨位)即入庫貨位分配；二是要選擇待出庫物料的貨位(因為同種物料可能同時存放在多個貨位里)。
貨位分配考慮的原則是很多的。專門用于倉儲的立體倉庫，其貨位分配原則是：
①貨架受力情況良好
上輕下重一重的物品存在下面的貨位，較輕的物品存放在高處的貨位。使貨架受力穩定。
分散存放，物料分散存放在倉庫的不同位置。避免因集中存放造成貨格受力不均勻。
②加快周轉，先入先出一同種物料出庫時，先入庫者，先提取出庫。以加快物料周轉。避免因物料長期積壓產生銹蝕、變形、變質及其他損壞造成的損失。
③提高可靠性，分巷道存放一倉庫有多個巷道時，同種物品分散在不同的巷道進行存放。以防止因某巷道堵塞影響某種物料的出庫，造成生產中斷。
④提高效率，就近入／出庫。在線自動倉庫，為保證快速響應出庫請求，一般將物料就近放置在出庫臺附近。