集裝箱進水產生糾紛的案件可不在少數，集裝箱的水取決于天氣狀況，海運航程的長短，貨物包裝材料、集裝箱狀況以及貨物的敏感度等。真菌、霉菌、霉在相對濕度超過55%時會對貨物造成損壞。
集裝箱里面有水主要可分以下幾種情況：貨物自帶、箱體凝結、海水入浸、淡水入浸。不過潮濕和水侵害是可以預防的，裝箱前檢查海運集裝箱是否密封和干燥，箱體有沒漏洞。確認貨物和裝貨環境是否干燥，加強貨物防水包裝，箱內合理放置干燥劑。盡管簽訂的合同中有約定貨損和賠償的問題，但是還是建議購買保險，避免出現事故時無人承擔貨運損失要自己扛的情況，通過轉移風險來保障您的貨物，海運公司一般都有這個業務的，費用也不高的。特別是雨季，風險更高，如果貨主沒有購買保險貨運中途發生意外，航運公司只能按照運費的一定比例給予賠付。
另外要實時關注天氣預報、貨物的動態，暴雨天氣有可能會影響航行路線和港口作業，導致提箱延誤、還柜延誤、拖車延誤、延誤貨物到港和卸貨時間，嚴重起來會導致港口作業完全停擺。另外如果卸貨場所是暴露在外的，貨物要準備雨布將其蓋好或者轉入倉庫內。庫外應進行濕度觀測，當庫內濕度高出庫外濕度15度以上時，時應及時打開通風窗、通風槽等進行換氣通風，反之必須緊閉倉庫。做好這些后，基本上就沒什么問題的了。