一、業務冗雜，客戶維護難。第三方物流公司上承眾多消費企業，下連多個專線、司機，隨著業務的擴展，客戶量和物流環節的增加，每日訂單數額宏大，業務冗雜，大多第三方物流公司又缺乏有效的管理系統，管理跟不上，客戶效勞質量自然降落，無法與客戶樹立持久協作關系。
二、信息化有限，信息流不暢。信息化技術相對落后，第三方物流公司與消費企業、下游承運方之間物流信息缺乏及時有效的傳輸，信息的滯后性極易招致物流渠道的梗塞，影響物流運輸效率。
三、對賬、回款周期長。甲方運費結算普通要等到三方物流公司帶回紙質回單完成對賬后停止結算或定期對賬、結算。回款周期長，第三方物流公司處在被動位置，一旦資金周轉不靈，無法展開新的業務，業務增長遭到障礙。
四、運營難，缺乏對下游運輸的把控。第三方物流公司大多是經過整合社會閑散專線和司機，分包停止運輸業務，這其中觸及多個主體，統一管理難;更缺乏有效的數據對下游承運方的運力停止考核。
五、缺乏中心競爭力。大多數三方物流企業，都是經過簡單的轉包來做業務，信息化、數字化程度低，可替代性強，缺乏中心競爭力。特別是中小型第三方物流公司，一旦遇到歹意壓價或消費企業決策人改換，極易喪失客源，被市場淘汰。