第三方物流服務合同是處于平等法律地位的物流服務商與用戶方雙方的民事法律行為，只有在雙方意思表示一致時才能成立。
與其他合同一樣，第三方物流服務合同是雙方的協議。其訂立過程是雙方協商的過程。物流服務商為了攬取相關服務項目，要對自己的企業（包括辦事機構地點等）、經營范圍（包括運輸線路，交接貨物的地域范圍，運價，運輸能力，相關設施的配備，雙方的責任、權利、義務等）做廣告宣傳，并用運價表、提單條款等形式公開說明。
在涉及單一物流服務形式時，一般由服務商主動聯系用戶，并簽訂相關合同。如果涉及綜合物流服務，包括倉儲、運輸甚至多式聯運時，則經過對比、權衡后，用戶方或其代理人向經營物流服務的公司或其營業所、代理機構提出物流服務申請<或填寫訂艙單），說明貨物的品種、數量、起運地、目的地、運輸期限要求等相關服務內容，物流服務商根據申請的內容，并結合自己的營運路線、所能使用的運輸工具及其班期等情況，決定是否接受委托。如果認為可以接受，則在雙方商定費率及費用支付形式，貨物交接方式、形態、時間，集裝箱提取地點、時間等情況后，由物流服務商再交給用戶方，以證明接受委托。這時物流服務合同即告成立，用戶方與服務商的合同關系確定并開始執行。由于合同涉及的環節多、時間長、要求復雜，所以，企業在簽訂合同時應注意以下幾方面的問題：
1．所簽合同要合理
合同中要考慮雙方的利益，達到雙贏的目標，這一點很重要。如果只考慮一方賺錢而使另一方無利可圖，這樣的合同即使簽下來，履約中也會出現各種問題。實踐證明，如果雙方的理念一致，所簽合同的目標相同，履約中一般就不會產生什么問題，即使有問題也較容易解決。
2．所簽合同要完善
第三方物流企業與客戶簽訂合同是一個非常復雜的過程。任何一方如在簽約前考慮不周或者準備不足，都有可能在未來執行合同時出現問題。此外合同的執行標準及衡量標準，是客戶與第三方物流企業在簽約時首先應協商解決的問題，但在實踐中，大量的合同根本未對此作出規定，導致雙方在執行合同或對所提供的服務方面產生爭議。
3．服務范圍要明確
許多第三方物流企業往往忽視服務范圍的重要性。第三方物流企業與客戶第一次合作簽訂合同時，一定要對“服務范圍”作明確的界定，包括如何為客戶提供長期的物流服務、服務的具體內容、服務到何種程度及服務的期限，總之要對服務范圍有一些具體的規定。否則，第三方物流企業對要干什么都不清楚，而客戶也不清楚支付的是什么服務費用。服務范圍應詳細描述有關貨物的物理特征，所有裝卸、搬運和運輸要求、運輸方式、信息流和物流過程中的每一個細節。
4．不要誤導客戶
第三方物流企業不要為了爭取客戶而使其產生誤解，將物流服務視為靈丹妙藥，認為第三方物流企業可將客戶所有的毛病都連根治愈。應讓客戶認識到，沒有一個物流方案能十全十美地解決企業的全部問題；即使要解決某一方面的問題，也需要詳盡的策劃、充足的時間，以及付諸實施這樣一個過程，最終才能見效。
5．避免操之過急
許多企業在尚未做好任何準備的情況下，就去尋求第三方物流企業的幫助，并對第三方物流企業寄予過高的期望，匆匆簽約。或許這些企業有太多的迫在眉睫需要解決的問題，但這樣做往往帶來忙中必然出錯的后果。
6．合同要具有可行性
對于專業性較強的企業，簽約前應向有關專家咨詢，甚至請他們參與談判，分析企業生產和管理的特殊性、特殊要求及特別需要注意的問題，避免留下難以彌補的后患。對于第三方物流企業經過努力仍無法做到的方面，千萬不要輕易承諾。
7．必須考慮經濟性
第三方物流企業接受和簽訂的協議影響最終能產生效益的項目，而適當水平的物流成本開支必然與所期望的服務表現有關。要取得物流企業的領導地位，關鍵是要掌握使自己的能力與關鍵客戶的期望和需求相匹配的藝術，對客戶的承諾是形成物流戰略的核心。一個完善戰略的形成，需要具有對欲實現所選方案的服務水平所需成本的估算能力。
8．條款要有可塑性
第三方物流企業在簽訂協議時，要掌握好一種尺度，即達到何種水平。比較好的尺度是將合同擬訂在中間性的、可改進的程度上，而非最終方案的程度上，以便為今后幾年留出調整、改進的余地。合同條款要訂好，要有保護措施，不要輕易訂立那種沒有除外責任、沒有責任限制的條款，否則將收取很少的費用而承擔無限的責任；不要輕易承擔嚴格責任制條款，而要爭取過失責任制條款。