區域商貿物流的運作模式是指在已經形成的區域商品交易市場背景下，將市場交易服務與倉儲、運輸、配送等活動相結合的一種物流運作模式，在這種模式下，特別強調商流與物流服務的一致性以及信息服務的及時性。由于區域交易市場的物流業務非常集中，因此對現代商貿物流的服務水平要求也比較高，從物流運作的基本模式來看，主要有以下兩種模式：　
(一)基于區域集群的區域商貿物流模式　
區域集群又稱產業聚集或企業集群，是指在產業的發展過程中，處在一個特定領域內相關的企業或機構，由于相互之間的共性和互補性等特征而緊密聯系在一起，形成一組在地理上集中的相互聯系、相互支撐的產業群。區域集群代表了當今一種特定產業的區域化發展潮流，由于這些產業基本上處在同一條產業鏈上，彼此之間是一種既競爭又合作的關系。基于產業聚集區的區域商貿物流模式以區域內聚集的產業組織為主要服務對象，以集運、多式聯運等物流活動為主，為各產業組織的物流活動提供區域性物流服務，這種物流模式要求物流組織建立具有覆蓋整個區域內外的完善的物流網絡，以專業化、定制化的物流服務來滿足客戶的物流服務要求，因此，物流活動方式呈現多樣化的特點。　
(二)基于區域交易市場的商貿型物流模式　
區域交易市場主要指專業的實物商品交易市場，一般都具有比較大的規模，比如大型的農產品、建材產品、汽車、商貿百貨、醫藥等交易市場。區域交易市場的交易量大、物流活動集中且頻繁，對物流的需求較大。基于區域交易市場的商貿型物流模式是在已經形成的區域商品交易市場背景中，將市場交易服務與倉儲、運輸、物品配送等活動相結合的一種商貿物流模式，在這種物流模式下，物流服務品種多樣化、批量小、批次多，由于商品的特性導致了較大的需求不確定性，因而主要強調倉儲和配送功能，建立電子商務交易平臺，十分注重物流系統的柔性。