盡管電子商務物流信息系統是企業經營系統的一部分，與企業其他部門的管理系統在基本層面上沒有太大區別，但是，由于物流活動本身具有的時空上的特點，使得電子商務物流信息系統具有如下特征。
(1)開放性
為實現物流企業管理或非物流企業物流管理的一體化和資源的共享，物流管理系統應具備與公司內部其他系統如財務、工資管理、人力資源管理等系統相連接的性能。且系統不僅要在企業內部實現數據的整合和順暢流通，還應具備與企業外部的供應鏈的各個環節進行信息整合和數據交換的能力，達到各方面的無縫連接。物流信息系統應用edi方式、門戶平臺方式和數據對接等多種接口方式來實現數據整合和順暢流通。
(2)可擴展性和靈活性
隨著社會經濟的快速發展，企業的管理以及業務的變化也在加快，這就要求系統能夠隨著企業的變革而變革。如物流企業實施流程再造，采用了新的流程，原來的系統將可能無法適用新的流程。如果企業需要再進行大規模投資，重新引進新的管理系統就會造成資源的極大浪費。所以物流信息系統要具備隨著企業發展而發展的能力，并考慮系統的靈活性。在建設物流信息系統時，應充分考慮企業未來的管理及業務發展的需要，以便在原來系統的基礎上建立更高層次的管理模塊。
(3)安全性
局域網和互聯網是電子商務物流信息系統的一個基本運行條件，它使物流企業觸角得以延伸更遠、數據更集中，但安全性問題也隨之而來。在物流信息系統開發初期，其安全性往往被人們所忽略。但隨著系統開發的深入，特別是以網上銀行為主要支付手段的實現和電子單證的使用，安全性已成為電子商務物流信息系統的首要問題。它可分為內部安全性問題和外部安全性問題。
(4)協同性
系統的協同性體現在其與客戶、企業各部門、供應鏈各環節及社會各部門的協同等方面。
·與客戶的協調。系統應具有和客戶的erp系統、庫存管理系統等實現連接的能力。系統可以定期給客戶發送各種物流信息，如庫存信息、車輛配送信息、催款提示等。
·與企業內部備部門間的協同。如業務人員可將客戶、貨物的數據輸入系統，財務人員可根據業務人員輸入的數據進行記賬、控制等處理。
·與供應鏈上的其他環節的協同。如第三方物流公司應與船公司、運輸公司、拖車公司、倉儲公司、鐵路運輸公司、公路運輸公司等企業，通過網絡實現信息傳輸。
·與社會各部門的協同。即通過網絡與銀行、海關、稅務機關等部門實現信息即時傳輸。與銀行聯網，可以實現網上支付和網上結算，也可以查詢企業的資金信息；與海關聯網，可以實現網上報關等。
(5)動態性
系統反映的數據應該是動態的，可隨著物流的變化而變化，能實時反映貨物流動的各種狀況，支持客戶和公司員工的在線動態查詢，這就需要公司內部與外部數據通信應及時、通暢。
(6)快速反應
系統應能對用戶、客戶的在線查詢、修改、輸入等操作作出快速和及時的反應。在市場瞬息萬變的今天，企業需要跟上市場的變化才可在激烈的市場競爭中生存。物流管理信息系統是物流企業的數字神經系統，系統的每一神經元滲入供應鏈的每一末梢，而每一末梢的刺激都能引起系統的快速、適當的反應。
(7)信息的集成性
物流過程中涉及的環節多、分布廣，信息隨著物流在供應鏈上的流動而流動，信息在地理上往往具有分散、范圍廣、量大等特點，因此，信息的管理應高度集成，同樣的信息只需要一次輸入，以實現資源共享，減少重復操作，減少信息的差錯性。目前大型的關系型數據倉庫通過建立數據之間的關聯，基本可實現這一點。
(8)支持遠程處理
物流過程往往涉及不同的部門并跨越不同的地區。在網絡時代，企業同客戶間的物理距離等都將變成鼠標距離。物流管理信息系統應支持遠程的業務查詢、輸入和人機對話等事務處理功能。
(9)檢測、預警和糾錯能力
為保證數據的準確性和穩定性，系統應在各模塊中設置一些檢測小模塊，對輸入的數據進行檢測，以把一些無效的數據排斥在外。例如，集裝箱箱號在編制時有一定的編碼規則，在輸入集裝箱箱號時，系統可以根據這些規則設置檢測模塊，提醒并避免操作人員輸入錯誤信息。又如，許多公司的提單不能夠重復，系統在操作人員操作時都會自動檢測校驗。物流信息系統應可以靈活設置預警機制、提示信息，如將緊急發貨的記錄設置為紅顏色顯示，在客戶欠款達到一定數量時自動提示等。