存在問題：
效率低
我國與發達國家在物流成本方面、周轉速度方面以及產業化方面存在較大差距，服務水平和效率方面都比較低。我國每萬元gdp產生的運輸量為4972噸公里，而美國和日本的這一指標分別為870噸公里和700噸公里。
我國物流系統各環節的銜接較差，運轉效率不高，反映為貨物在途時間、儲存時間、基礎設施勞動生產率等方面均有較大改善和提高的余地。僅以貨運汽車的生產率水平為例，美國營運汽車的單車噸年產量約為66萬噸公里，而中國這一指標僅為3萬噸公里左右。二是速度慢。目前我國鐵路貨車的運營速度僅46．4公里左右，散裝、集裝箱等高效運輸方式比重較低，裝卸時間較長；公路貨車的運營速度也不足50公里；內河航運速度更低；原材料、半成品及產成品的在庫周轉時間平均在3—6個月左右。
此外，根據調研及有關資料分析，我國許多商品總成本中，物流費用已占到20—40%，每年因包裝造成的損失約150億元，因裝卸、運輸造成的損失約500億元，保管不善造成的損失在30億元上下，公路貨運因缺乏合理的物流組織，空駛率多年來保持在50%左右；鐵路因能力不足，使相當數量的商品失去銷售機會或無法保證企業提供客戶滿意的服務；水運因運輸組織方式不能適應市場需求變化，使許多產品失去了低價運輸的途徑。
兼容性差
總體來看，我國現有的物流基礎設施雖然有了很大發展，但是還比較落后。按國土面積和人口數量計算的運輸網絡密度，我國僅為1344．48公里/萬平方公里，而美國為6869．3公里/萬平方公里，德國為14680．4公里/萬平方公里，印度為5403．9公里/萬平方公里。這方面，我們不僅落后于歐美發達國家，與印度等發展中國家相比也有較大差距，如果按人口計算則差距更大(國務院發展研究中心《調查研究報告》總1417期)。
在條塊分割、多頭管理的傳統模式影響下，我國各種物流基礎設施的規劃和建設缺乏必要的協調，因而物流基礎設施的配套性、兼容性差，導致系統功能不強。各種運輸方式之間、不同地區運輸系統之間相互銜接的樞紐設施建設方面缺乏投入，對物流產業發展有重要影響的各種綜合性貨運樞紐、物流基地、物流中心建設發展緩慢。
我國物流系統一般技術水平低，裝備落后。在倉儲設施方面，第三方物流企業擁有的倉庫70%是普通平房倉庫，現代化立體自動化倉儲設施比例極低，具有冷藏、保鮮、氣調功能的倉庫更少。在使用的搬運工具中，人工搬運車，手推叉車和普通起重設備占到70%以上，而可視屏叉車等現代化的搬運工具卻很少采用。在運輸工具方面，第三方物流企業擁有的運輸車輛中，普通車輛占70%以上，而現代化的箱式貨柜和集裝箱拖頭及特種運輸車輛卻很少。物流企業開發和使用的物流信息軟件，性能水平不高，即使有些軟件比較適用，但有時又與客戶系統不兼容。
建設滯后
物流是跨地區、跨行業的運作系統，標準化程度的高低不僅關系到各種物流功能、要素之間的有效銜接和協調發展，也在很大程度上影響著全社會物流效率的提高。我國物流標準化滯后主要表現在缺乏有關的標準及規章制度，同時在推行標準方面也缺乏必要的力度。例如，各種運輸方式之間裝備標準不統一，海運與鐵路集裝箱標準存在差異，在一定程度上影響著我國海鐵聯運規模的擴展，對我國國際航運業務的拓展、港口作業效率的提高以及進出口貿易的發展都有一定程度的影響。又如物流器具標準不配套，特別是現有托盤標準列入了國際標準中所有4種規格，也沒有推行的原則，這樣等于沒有標準。托盤標準和各種運輸裝備、裝卸設備標準之間都有銜接關系，這就影響了托盤在整個物流過程中的有效使用。三是產品包裝標準與物流設施標準之間缺乏有效的銜接，雖然目前我國對商品包裝已有初步的國家和行業標準，但在與托盤和各種運輸裝備、裝卸設施、倉儲設施相銜接的集裝單元化包裝標準方面還比較欠缺，這對各種運輸工具的裝載率、裝卸設備的荷載率、倉儲設施空間利用率方面的影響較大。四是信息系統之間缺乏接口標準，工商企業內部物流信息系統與第三方信息系統之間缺乏有效銜接，運輸信息系統、倉儲信息系統、物流作業管理信息系統之間互不溝通，由于沒有公共物流信息交流平臺，以edi互聯網等為基礎的物流信息系統難以得到實際應用。
機制障礙
在計劃經濟體制下，各個行業從上到下一統到底，行業之間、部門之間管理體系分割現象嚴重，在向市場經濟轉型的過程中，習慣勢力仍然有一定影響。物流產業的發展涉及到基礎設施、物流技術設備、產業政策、投資融資、稅收、海關、服務、與運輸標準等多個方面，而這些問題的管理分屬于不同的政府職能部門，各職能部門對現代物流認識不足和缺乏統一協調的戰略思想，成為物流產業發展的主要瓶頸之一。
由于經濟利益部門化和地區化弊端的存在，我國在物流業的管理體制和機制上的協調能力較差。物流業涉及交通運輸、經貿、外經貿、城市管理、公安、稅務、海關、商品檢驗檢疫等多個部門，這些部門的管理職能、管理方式和制度體系等存在較大不同，在對物流業實施管理的過程中，因管理之間的體制及機制性原因，造成物流業發展的許多困難。條塊分割計劃經濟體制的管理體制及機制的影響，許多部門政企尚未實現真正的分開，從而形成了多部門管理的條條之間的基于部門利益的分割狀態，使得管理的能力因分割而受到局限和制約，造成管理水平的提高較為緩慢。此外，由于地區的經濟利益驅動，地方管理成為地方利益的體現，助長了地方保護主義。我國相當一部分省市間的市場壁壘，使網絡化物流服務企業的成長變得相當困難。