1、農業物流的相關理論研究嚴重滯后
由于農業生產的地域性，以及生產的季節性與常年性消費需求之間的對立，造成了中國農產品供需的時空矛盾，解決這個矛盾的基本途徑就是發展中國現代農業物流。農產品物流只有做到農產品保值，才能實現農產品的價值與使用價值，進而才可能使農產品在物流過程中增值。
在中國的農業發展過程中，“重生產、輕流通”思想意識的影響廣泛，而對農業生產資料、農產品流通和物流配送等相關產業的協同發展作用認識不足，更沒有形成農業物流完整的行業體系框架。農業物流作為農業產業發展的重要組成部分，對農業物流理論探討的嚴重匱乏。降低農產品生產與流通的成本，引導農業生產資料的生產與配置，提高中國農業的整體產業效益，需要有現代農業物流理論指導。中國農業流通和物流的相關理論研究，在中國農業現代化發展過程中地位，沒有受到應有的重視。
2、農業物流的基礎投入不足
一直以來，我們在農業生產環節的增產上全力以赴，但物流保鮮技術、物流加工和冷鏈建設等后續物流環節的基礎投入明顯不足。對比中美兩國的農業投資結構：
由此可見，中國薄弱的農業物流現狀和過去數量型農業生產投資結構密切相關，農業物流在基礎投入方面的長期欠帳使得高額物流損耗一時難以根本扭轉。以果蔬產品為例，據有關數據統計，我國每年越有8000萬噸果蔬腐爛，損失總值近 800億元。損失率為25%～30%，可以滿足2億人口的基本營養需求。這與發達國家5%以下的果蔬損失率相比，差距很大。
另一方面，2003年投資高速增長帶動了裝備工業的快速發展，其中農副產品加工專用設備制造利潤增長2倍。從2003年1-11月份經濟運行情況來看，農副產品加工業實現利潤134.9億元，同比增長37.1%；食品制造業實現利潤96.6億元，同比增長37.7%，其中，液體乳及乳制品制造業利潤增長52%。從分行業固定資產投資情況分析，農副食品加工業固定資產投資形勢良好，農副食品加工業完成固定資產投資占全國食品工業固定資產投資比重39.30%，行業新增固定資產占全國食品行業比重38.34%，固定資產投資項目數量和規模在食品各中類行業中比重最大，反映出國家宏觀調控政策的成效，加大了農產品轉化力度。
3、農業物流信息體系不健全
農業物流流體的流向和流程，以及由此而產生的效率和效益是與農業物流的信息體系密切相關。農業物流信息體系既包括農業市場信息，也包括農業物流的資源信息，而現在農業信息系統和農業物流信息體統所能提供信息品種和質量都不能滿足需要，缺乏有效的信息導向，農資和農產品物流的流向帶有盲目性，流程不合理，這是導致在途損失嚴重，影響流體保值增值的重要原因。
2003年菜價上漲，誰能告訴農民明年種什么？明年蔬菜種植面積會不會大幅度增加，從而引起菜價再次下跌？長期以來，農民對市場供求信息的獲取渠道單一，手段缺乏，滯后失真現象嚴重，趕不上市場變化，要改變這種狀況迫切需要建立完善的信息采集、加工整理和發布體系。
4、農業物流成本偏高
目前中國的農業物流成本比較高，而且不穩定，其中有物流利潤和運輸成本因素，但更多的是物流環境的影響，由于路況不良的時間成本，交通秩序中不當現象無形中增加的物流成本（例如設卡收費等）。隨著物流業的發展，基礎農業物流利潤下降，而在途損耗和不合理物流環境成本顯得十分突出。
多數長途販運的農產品是以初級形態為主，農產品物流結構中，低附加值產品居多，以農產品的主要物流形式公路運輸為例，對于農產品和工業品的收費標準相同，但兩者價值和利潤卻相差懸殊，這就是業內呼吁建立農產品物流 “綠色通道”的原因所在。500毫升蒙牛奶的超市售價2.8元/包，其中運費要占10%，更不要說低值低毛利的初級農產品了。