物流銀行究其根本，應該屬于金融衍生工具的一種，它之所以區別于傳統的抵押貸款或質押貸款，是因為在其發展過程中，逐漸改變了傳統金融貸款中銀行與申請貸款企業雙方面的權責關系，也完全不同于擔保貸款中擔保方承擔連帶賠償責任的三方關系。它越來越倚重于第三方物流商，目前主要表現為物流商的配套管理和服務，形成了商業銀行、物流商、貸款企業的三方密切合作關系。
根據物流商介入融資服務的階段或深度的不同，可以將物流銀行的模式歸納為如下兩種：
１．倉儲貨物質押貸款
即質押人與商業銀行簽訂質押合同，用已經或即將放入物流商倉庫中的動產做質押；質押人、商業銀行以及物流商三方簽訂質押監管合同，由物流商負責監督管理質押動產；一旦質押人向商業銀行歸還貸款或增加保證金，商業銀行將指示物流商釋放監管的質押動產，而物流商則嚴格根據商業銀行的指令存、放動產。
需要說明的是，現實中很多銀行采用的是倉單質押方式，而非動產質押方式，究其原因，是因為用作質押的動產不同于用作抵押的不動產，前者可以用登記的方式證明其所有權的歸屬，后者只能用占有的方式證明所有權，現實中的商業銀行似乎都懷疑“占有”這種公示方法。而在合同法確認了倉單的法律地位后，人們認為這一權利憑證能夠彌補動產占有公示的不足，因此更傾向于接受倉單質押。
根據倉儲貨物所在位置的不同，又可將這種業務模式細分為庫內監管與庫外監管。庫內監管就是在物流商自己所有的倉庫中監管質押動產，庫外監管則是在物流商有限享有使用權的倉庫中監管質押動產，通常情況下是在出質人自己的倉庫中監管。庫外監管超出了物流商的自有庫，擴大了物流銀行的服務領域，也可能節省整個質押貸款業務中發生的費用，但這一模式有其局限性，無論是商業銀行還是物流商都應謹慎使用。從商業銀行的角度來看，由于出質人出質的質物仍在出質人的倉庫中，物流商能否實際控制出質的動產無法事先確定，這可能違反現行法律關于質押必須以質物交付質權人方可生效的規定而使商業銀行的質權不成立；從物流商的角度來看，實施庫外監管的一大前提是物流商具備了輸出倉儲管理的能力，而且，對出質人自有庫進行監管的風險更大，因為出質人作為質押動產的所有人，比其他任何第三人更有“理由”違反游戲的規則，如果物流商不具備強大的輸出管理的能力，庫外監管將是空話，物流商將無法利用自己的倉儲專長避免承擔監管不力的責任，也將因此而回到歷史上簡單的為他人提供保證擔保的地步。因此，為了規避前述庫外監管必然的風險，商業銀行有必要從增加的收益中拿出一部分轉移給物流商，以支付物流商為加強控制增加監管作業而承擔的費用；作為物流商，則應該從人的控制、作業設備的控制、作業程序的控制、管理軟件的控制等多方面盡快提高自身的管理能力。只有通過雙方的共同努力，才能堅固庫外監管這一模式，從而在空間上擴大物流銀行的服務領域，擴大商業銀行與物流商的盈利領域。
２．保兌倉
即質押人、物流商、商業銀行以及供貨商四方簽訂合同，商業銀行根據質押人與供貨商的供貨合同直接代質押人向供貨商支付貨款，供貨商根據供貨合同以及與商業銀行達成的協議向物流商交付貨物，物流商從接到貨物之時開始承擔監管責任。
保兌倉區別于倉儲貨物質押貸款之處在于：在倉儲貨物質押貸款中，倉儲貨物在進入指定倉庫之前并不是質物，只在進入倉庫之時或之后才成為質物，而物流商的監管責任也只從貨物進入指定倉庫之后才開始，從商業銀行的角度看，即先有質物后有貸款；而對于保兌倉而言，貨物在進入指定倉庫之前就已成為了質物，物流商在貨物入庫之前就應開始履行其監管職責，也許是從供應商交付貨物之時，也許是從進口貨物入關之時。
保兌倉是物流銀行的高級形態。在這種模式里，物流商提供的不僅僅是傳統的倉儲服務，而是貨物在不同社會主體間流轉移動的全過程；商業銀行的客戶對象也將極大地增加，因為它允許了用作質押的貨物在空間上的位置移動以及形態上的變動轉化（比如涉及到加工環節時）。