巴西海關的特點有三個:效率低、流程繁瑣、不透明。以下為巴西海關清關時需要注意的事項。
1.正本原件提單
巴西清關對于單證的要求是必須是正本原件提單，不接受電子單據。進口貨的提單上必須寫明海運費。如果出貨代單(hbl)，出貨代單的總海運費不得低于船東單(mbl)，否則整個箱子在目的港無法清關。運費高低無關輕重，值得注意的是巴西運費只能做預付(prepaid)，不可以海運費到付。出貨代單的必須是無船公共承運人(non-vessel operating common carrier, nvocc)，而且在巴西海關注冊備案過的才有效。
2.抽檢
巴西海關對報關貨物實行抽檢的方式，即按照綠色、黃色、紅色、灰色四種不同顏色分類處理。綠色即報關貨物可全部免檢并自動通關;黃色即僅檢查報關文件，核實后，貨物自動通關;紅色即報關文件和貨物均需經過檢查后方能通關;灰色即除對文件和貨物進行核查外，還需執行海關特殊監管程序，核實是否存在欺詐行為。根據規定，海關應在五個工作日之內提出驗貨結果，驗貨時當事人應在場，貨物若需樣檢，所發生費用由當事人承擔。如果貨物不幸抽到紅色通道報關，時間就會相對較長，一般需要十五天左右。
3. 免堆期和免費用箱期
免堆期(freetime detention)指貨物抵港后集裝箱拖離碼頭外的免租期;免費用箱期(free time demurrage)指貨物抵港后集裝箱在碼頭內的免租期。兩個時間都可以向船公司申請，但為了不造成碼頭的擁堵，船公司一般只給七天的免費用箱期;免費用箱期可根據和船公司的關系去申請，最好可以拿到二十八天免費用箱期甚至更多天數。巴西的一般做法:貨到港以后，客人會要求代理把柜子拖到碼頭外附近的terminal去完成清關程序。這樣可以充分利用免堆期。
4.進口許可證(import license)
對于第一次做巴西業務或者不熟悉巴西市場的客人，最好先找到產品的海關編碼，巴西稱為ncmno.。對照此編碼查詢此產品是否需要巴西海關要求提供的進口許可證，進口許可證分為自動進口許可證和非自動進口許可證兩種。自動進口許可證的審批過程比較簡單且自動批準;非自動許可證的申請及審批由巴西發展工商部外貿局負責，發放由各相關機構處理。進口商一般應在貨物裝船前向外貿局提出申請，進口許可證有效期為60天。貨物到港后90天內進口商應辦理報關手續，并將進口申報單輸入巴西外貿網進行登記，開始報關程序;同時還需向海關提供裝船單、商業發票、納稅單據及原產地證、商檢證明和動物檢驗證明等文件。
海關收到上述文件后，對申報內容和貨物進行核實，如完全一致，即通過巴西外貿網授權通關，此時進口商方可清關提貨。如果不一致，那也沒關
系，修改一次的費用為2800美元。
5.開船日期
貨物開船日的時間以提單上的貨物裝船日期(onborad date)為準，如果早于進口許可證申請下來的時間，比如開船日是2015年3月1日，但進口許可證申請下來的時間是2015年2月28日，貨到港后，經巴西海關核實查出，目的港收貨人需要支付1500美元左右的罰金。