集裝箱運輸子系統集裝箱運輸的各個“基本要素”，以各種不同的方式組合起來，大致可以組成以下子系統：　
(1)集裝箱水路運輸子系統　
集裝箱船舶、集裝箱碼頭與集裝箱貨運站等基本要素，可組合成集裝箱水路運輸子系統。集裝箱水路運輸子系統完成集裝箱的遠洋運輸、沿海運輸和內河運輸，是承擔運量最大的一個子系統。集裝箱水路運輸子系統由集裝箱航運系統和集裝箱碼頭裝卸系統兩個次級系統組成。　
(2)集裝箱鐵路運輸子系統　
集裝箱鐵路專用車、集裝箱鐵路辦理站與鐵路運輸線等組成了集裝箱鐵路運輸子系統。它是集裝箱多式聯運的重要組成部分。隨著“陸橋運輸”的起始與發展，集裝箱鐵路運輸子系統在整個集裝箱多式聯運中起著越來越重要的作用。　
(3)集裝箱公路運輸子系統　
集裝箱卡車、集裝箱公路中轉站與公路網絡構成了集裝箱公路運輸子系統。集裝箱公路運輸子系統在集裝箱多式聯運過程中，完成短駁、串聯和“末端運輸”的任務。在不同國家和地區，由于地理環境、道路基礎設施條件的不同，集裝箱公路運輸子系統處于不同的地位，發揮著不同的作用。　
(4)集裝箱航空運輸子系統　
在相當長一段時期內，由于航空運輸價格昂貴、運量小，集裝箱的航空運輸占的份額很小。近年來，隨著世界經濟整體的增長，航空運輸速度快、對需求響應及時、可縮短資金占用時間等優越性逐漸顯現出來。航空集裝箱運輸子系統的地位正在逐漸提高。