運輸成本控制按控制的時間來劃分，具體可分為運輸成本事前控制、事中控制和事后控制3個環節。[2]
1.事前控制
運輸成本事前控制是指在運輸活動或提供運輸作業前對影響運輸成本的經濟活動進行事前的規劃、審核，確定目標運輸成本。它是運輸成本的前饋控制。
2.事中控制
運輸成本事中控制是在運輸成本形成過程中，隨時對實際發生的運輸成本與目標運輸成本進行對比，及時發現差異并采取相應措施予以糾正，以保證運輸成本目標的實現，它是運輸成本的過程控制。
運輸成本事中控制應在運輸成本目標的歸口分級管理的基礎上進行，嚴格按照運輸成本目標對一切生產經營耗費進行隨時隨地的檢查審核，把可能產生損失浪費的苗頭消滅在萌芽狀態，并且把各種成本偏差的信息，及時地反饋給有關的責任單位，以利于及時采取糾正措施。
3.事后控制
運輸成本事后控制是在運輸成本形成之后，對實際運輸成本的核算、分析和考核。它是運輸成本的后饋控制。
運輸成本事后控制通過實際運輸成本和一定標準的比較，確定運輸成本的節約或浪費，并進行深入的分析，查明運輸成本節約或超支的主客觀原因，確定其責任歸屬，對運輸成本責任單位進行相應的考核和獎懲。通過運輸成本分析，為日后的運輸成本控制提出積極改進意見和措施，進一步修訂運輸成本控制標準，改進各項運輸成本控制制度，以達到降低運輸成本的目的。
運輸成本的事中控制主要是針對各個具體運輸成本費用項目進行實時實地的分散控制;而運輸成本的綜合性分析控制，一般只能在事后才可能進行。運輸成本事后控制的意義并非是消極的，大量的運輸成本控制工作有賴于運輸成本事后控制來實現。從某種意義上講，控制的事前與事后是相對而言的，本期的事后控制，也就是下期的事前控制。