企業物流整合涉及到跨職能部門的作業，因此面臨的阻力是多方面的。概括地說，企業物流整合的阻力主要來自于以下幾個方面：組織結構、績效衡量體系、存貨所有權問題、信息技術和知識相互傳遞的能力等。
１．企業組織結構。
企業傳統的業務組織結構會影響到任何一項跨職能部門作業的執行，因為傳統的業務組織結構反應出來的是相對獨立的部門運作，而企業物流整合則要求在各職能領域間進行高效的合作與協調。因此，企業實施物流整合首先要從調整企業組織結構入手。
２．績效衡量體系。
企業傳統的績效衡量體系往往是針對相對獨立的組織部門而分別制定標準進行考核，也就是說企業傳統的績效衡量體系基本上是依循企業傳統的組織結構來設計的。企業實施物流整合，調整了傳統的組織結構，就必須相應地調整績效衡量體系，否則達不到預期的目的。
３．貨物所有權問題。
存貨可以有效幫助物流的某一功能的實現。獲得存貨所有權的傳統方法是保持足量供應，以備安全起見，應同時避免需求及作業中的不確定因素。但保持足量供應勢必增加庫存對財務資金的占用，同時相應增加企業風險。
４．信息技術。
信息技術是實現物流整合的關鍵因素。企業的信息系統傳統上也是按照組織結構的思路來分別進行設計的，這就使得企業許多數據庫僅限于在特定的職能部門內使用，在涉及跨職能部門時，信息難以共享。因此，無法實現信息共享無疑是物流整合的又一大阻力。
５．知識相互傳遞的能力。
實踐證明，如果在企業內分享經驗的能力受到限制同樣嚴重影響到企業的物流整合。比如，當富有經驗的工作人員因退休或其他原因離開企業時，無法對知識進行轉化或傳遞，而新人又需要很長的一段時間才能適應，那么在這種情況下就會對物流整合形成阻力。
總之，物流是一項綜合性的業務，涉及眾多職員和各功能領域，而在物流領域中知識和經驗的傳遞又往往很難標準化。因此，企業要實施有效的物流整合，還必須解決知識與經驗的積累與傳遞問題，即解決企業的知識庫問題。