貨物運輸保險主險計算保險費用應按全部損失和部分損失分別計算，具體說明如下：
一、全部損失
通常運輸險保單為定值保單，全部損失應按保險金額全數賠償。不定值保險，出險時保額低于實際價值的按保額賠償；出險時保額高于實際保險價值的按實際價值賠償。保險公司全額賠償運輸保險費用后，損余歸保險公司。
二、部分損失計算保險費用法
1、數量損失的計算公式為：
保險金額×損失件數（重量）
--------------------------　=　賠款
承保總件數（總重量）
運輸保險費用計算案例：一批服裝共100箱，保險金額60000美元，丟失5箱，賠款額應為：60000　×　5/100　=　3000（美元）
2、質量損失實際上是價值的貶低，知道貶值率即可計算。運輸保險費用計算公式為：
貨物完好價-受損后價值
貶值率=------------------------------------
貨物完好價
保險金額　×　貶值率　=　賠款
例如，一件玉雕工藝品完好價是5000元，由于碎了一個角，經檢驗定損后認為只值3000元。它的貶值率即是（5000-3000）/5000　=　40%；
賠款=5000×40%=2000元。
3、損失為一個包裝單位中的一部分，要按最小單位計算出短量或滲漏損失數量，再加上大單位短量、滲漏數量后，按每公斤保額計算賠付金額。
運輸保險費用計算案例：桶裝化工原料，共50桶，每桶50公斤，滲漏7桶，其中2桶，每桶只剩5公斤，另有5桶，每桶只剩12公斤，保額為50000元，賠付金額=50000/（50×50）×[（50-5）×2　+　（50-12）×5]=5600（元）