物流資源利用率低
一方面因為傳統的倉庫因其在倉儲凈空高度往往得不到利用而造成大量空間資源的閑置浪費;另一方面因為傳統倉庫的管理和作業模式均采用原始的作業方式，倉庫設備的能力沒有充分發揮出來，在一定程度上也造成了浪費。
作業質量引起的損耗大
一方面是傳統的平面倉庫物流自動化水平較低，貨物的進入庫基本是人工利用叉車進行作業，而由于人工操作不當會造成貨物碰撞損耗;另一方面是因為錯誤作業或錯誤配送所引起的錯誤成本，特別是藥品的配送，會引起更嚴重的后果。
信息流和物流不一致
一方面傳統的倉庫往往信息化程度較低，導致整體物流管理水平低下，無法向客戶提供優質和靈活的物流服務。另一方面會因信息流和物流無法統一而造成上面所述的錯誤成本，使總體倉儲成本提高。
作業效率低下
傳統的平面倉庫是“人工一叉車一貨架”的作業模式，其作業速度根本無法與自動化立體倉庫中的“計算機一堆垛機一貨架”的作業模式相比，大大影響第三方物流企業的競爭能力。