缺乏健全物流信息平臺
城市虛擬物流的發展離不開物流信息化建設。近年來，隨著我國城市物流行業的不斷發展，城市物流的信息化水平也已經有了顯著的提高。部分城市也已經建立諸如“物流信息網”等形式的簡單的物流信息平臺，但是其功能單一、信息安全和保密性差，與發展城市虛擬物流體系的要求還存在很大差距。
缺乏潛在用戶群的理解
虛擬物流作為物流行業的發展前沿，其理論認識尚且沒有統一。但就當前對虛擬物流普遍認識來說，虛擬物流參與方往往沒有自己的倉庫、車隊等顯性資源，有的只是信息、知識、方案等隱性資源。因此部分參與方由于沒有顯性資源而得不到需求方的理解和接受。此外，由于全國范圍內已成功實施虛擬物流的具體案例也非常少，再加上業界對物流宣傳力度不夠，導致在今后一段時間內虛擬物流很難讓用戶群完全理解和接受。
物流標準化建設不完善
發展城市虛擬物流體系的關鍵就在于整合城市現有的物流資源，這就要求具備完善的物流標準化體系。當前我國城市物流行業低標準造成了社會資源浪費與物流相關的現有產業標準體系起步較低，缺乏系統性，問題突出表現在托盤、包裝、信息技術等通用技術設備與標準上面。另外，產業間的標準難統一，制約了物流各相關產業間的統一性和協調性。
運籌管理人才匱乏
顯然物流虛擬化需要更高層次的管理人才，要求他們要具有基本的運輸倉儲行業知識、生產服務管理知識，電子通訊網絡知識以及運籌學、統計學等高級理論和知識外，特別要具有較強的協調能力和統一指揮調度能力。目前，這樣的高級人才在我國還相當匱乏，這是邁向物流虛擬化的最大的也是最根本的困難。