(一)年審　
海關對代理報關企業實行年審制度，年審的目的是促進企業的自律性管理，提高代理報關服務水平，加強報關管理。年審的主要內容包括：企業的代理報關業務分析、報關差錯及原因以及遵守海關各項規定的情況和內部管理情況。其年審時間為每年的1月—3月，辦理注冊登記不滿1年的，當年度可不參加年審。已取得異地報關備案資格的，要憑報關注冊海關的年審合格記錄到備案海關辦理年審。　
(二)變更登記　
代理報關企業如有變更名稱、法定代表人、地址、企業性質或經營范圍、注冊資金及其他已在海關注冊登記內容的，均應事先以書面形式報請報關注冊海關核準，并辦理變更登記手續。